Estudió administración de empresas. Realizó el primer vuelo Nueva York-Bogotá y en 1932 fundó en la capital colombiana la «Escuela Civil de Aviación», iniciando la formación de pilotos aviadores.[2]
El 15 de junio de 1933 apoyado por la riqueza de su familia materna fundó la compañía Servicio Aéreo Colombiano (SACO).[3]Con la fundación de este negocio Samper buscó hacer competencia directa a la Sociedad Colombo Alemana de Transportes Aéreos (SCADTA), de capital alemán, entrando en una rivalidad inmediata. La flota inicial de SACO fue de tres aviones Curtiss Kingbird D-2. La empresa operó a partir de 1934 tres aviones Ford Trimotor que tenían rutas entre las ciudades de Bogotá, Medellín, Cali, Cartago y Bucaramanga.[2]
Luego de aterrizar de Bogotá el 25 de junio de 1935 en el Aeropuerto Olaya Herrera de Medellín, Samper Mendoza iba al mando del Ford Trimotor F-31 de SACO que llevaría a bordo a Carlos Gardel y su comitiva de 7 personas, con el joven Willys Beninngton Foster Stuart como copiloto y radiotelegrafista. Al despegar el avión de SACO se impactó con un avión del mismo tipo llamado “Manizales” de la Sociedad Colombo Alemana de Transportes Aéreos o (SCADTA) que se encontraba haciendo labor de carreteo. Versiones contemporáneas desafían la versión oficial del accidente responsabilizando a Samper del mismo.[4]
Se encuentra sepultado en el Cementerio Central de Bogotá. En su honor fue nombrado el Barrio Samper Mendoza de la localidad Los Mártires en Bogotá.