Hijo de Bartolomeo di Carlo y Lucrezia del Carretto, pertenecía a una rama menor de la familia Doria, no en mucho mejor situación económica que la principal. Desde muy joven emprendió una carrera militar, probablemente gracias a la intercesión del dogo Nicolò Doria, quien ya había hecho lo mismo con su pariente lejano Andrea. Sirvió inicialmente al joven Francesco Maria della Rovere, del ducado de Urbino, de quien más tarde recibió el condado de Sassocorvaro. Posteriormente, en 1517, entró al servicio de Andra, quien lo nombró su segundo al mando en la guerra contra los corsarios berberiscos del imperio otomano. Tuvo así un destacado papel en la batalla de Pianosa.[1]
En 1528, con el cambio de bando de Andrea y su entrada a formar parte de la flota española, Filippo le ayudó a liberar Génova del dominio francés. Este acontecimiento instaló a Andrea como hombre fuerte perpetuo de la república y a Filippino como uno de sus más allegados. Filippino fue así nombrado capitán general de Génova y le fue entregado el estandarte republicano en una gran ceremonia.[2] Desde este momento, sin embargo, figura poco en las fuentes durante las décadas siguientes, quizá debido al alzamiento de Giannettino Doria como heredero del clan, a pesar de que Filippino no parece haber perdido el favor de Andrea. Su siguiente hecho fue durante la conspiración de los Fieschi en 1547, donde Giannettino fue asesinado y a duras penas lograron Filippino y Agostino Doria salvar a Andrea. Murió poco después, en algún momento antes de 1558.
Andrea incluyó en su testamento a su hijo homónimo, Filippo, el cual mantuvo una rivalidad con el hijo de Giannettino, Giovanni Andrea, quien le tachó de dilapidar la fortuna de su padre.
