Nació en Santa Cruz de Marchena en 1709. Su padre, don Luis de Bocanegra Xibaja Salcedo era por entonces gobernador de la taha de Alboloduy y casó con doña Rosa María Díaz Salido y Granados. Su madre, cuando le llegó la hora del parto, marchó a su pueblo natal donde alumbró al futuro eclesiástico.[1]
Hizo sus primeros estudios y los de latín y humanidades en su localidad natal. Una vez culminados dichos estudios, ingresó en la Universidad Granada, donde estudió sucesivamente tres años de Artes —carrera menor sobre materias científicas y filosóficas, precisa para acceder a las facultades universitarias— y siete años de teología. Entonces se dirigió a Salamanca para proseguir sus estudios en el Colegio Mayor de Cuenca de la Universidad de Salamanca. También estudió algún tiempo en la Universidad de Ávila. Finalmente obtuvo el doctorado en Sagrada Teología y el doctorado en Artes (filosofía).[2]
De él se dijo durante el segundo proceso consistorial, que estaba muy dotado "en todo género de buenas letras" y que había llegado a ser muy docto en teología, historia eclesiástica y oratoria sagrada, "que constituyen un gran fondo de instrucción, y han hecho que todos le admiren... como uno de los Prelados más doctos de España".[3]
Nada más concluir sus estudios eclesiásticos y ordenarse sacerdote, opositó a varias canonjías. Primero fue canónigo penitenciario de la Catedral de Coria y, después, canónigo arcediano de la Catedral de Almería.[4] Ya durante su período almeriense destacó como orador sagrado, distinguiéndose por la defensa de la fe frente a los ilustrados panteístas.
Fue presentado para la sede de Guadix por real cédula del rey Fernando VI, firmada el 6 de noviembre de 1757. Fue preconizado obispo de Guadix-Baza por el papa Benedicto XIV el 19 de diciembre de ese año. Recibió la consagración episcopal en Madrid el 2 de abril de 1758, de manos de Diego de Rojas y Contreras, obispo de Cartagena, que fue asistido por Agustín González Pisador, entonces obispo titular de Tricomi y obispo auxiliar de Toledo, y por Mateo Navia Bolaño, obispo de Nicaragua.
Fue presentado para la sede compostelana por el rey Carlos III el 27 de octubre de 1772. Fue preconizado arzobispo de Santiago de Compostela por el papa Clemente XIV el 8 de marzo de 1773.
Muy amigo de los capuchinos, en especial del Beato Diego José de Cádiz, les confió numerosas misiones populares para velar por la religiosidad del pueblo. No dudó en continuar enfrentándose con vivas polémicas con los ilustrados, que abrían las puertas de la secularización y descristianización del país.
Gran patriota, trató de apoyar a la Corona en sus empresas militares. Dicho apoyo regio le traería amargas consecuencias, pues propició el rechazo del cabildo compostelano y, finalmente, la ruina económica de la archidiócesis.
Murió en Santiago de Compostela en 1782.
