Además de la misión San Bernardo, se fundaron las misiones San Juan Bautista junto al río Sabinas, y la misión San Juan de Solano (trasladada en 1718 al río San Antonio, dando lugar a la misión de El Álamo, Tejas).
Para el respaldo a la población misional se ordenó el establecimiento en 1703 del presidio de San Juan Bautista del Río Grande con treinta hombres.[7] Este presidio se mantuvo siempre en Guerrero, a diferencia de otros presidios que fueron trasladados en función las necesidades de seguridad, como ocurriera con el de Monclova.
Del presidio de Río Grande partió en 1718 la expedición del gobernador Martín de Alarcón para la fundación de villa de San Antonio Béjar, hoy San Antonio, Texas.
En 1771, tras la inspección del III marqués de Rubí resultó la fusión y traslado de misiones y presidios; el de San Juan Bautista sí continuó.
En 1782 Teodoro Croix, sobrino del virrey Croix, ordenó la reorganización de los presidios, quedando San Juan Bautista encuadrado en el grupo de Santa Rosa (actual Múzquiz) y San Fernando de Austria (actual Zaragoza). Al igual que sucediera con otras poblaciones surgidas a partir de un presidio, su patio de armas en la actual plaza Principal.[10]
En 1848 con la firma del tratado de Guadalupe Hidalgo entre EE.UU. y México, el río Bravo se convirtió en frontera entre ambos países.
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