Una ordenanza de 1986 estableció la construcción de un hospital general de agudos con camas de internación en la zona de Villa Lugano. Esta obra quedó en suspenso hasta que un grupo de vecinos de Villa Lugano y de Villa Soldati juntaron más de 13 mil firmas para lograr una audiencia de Requisitoria Ciudadana. En 2005 la jueza Elena Liberatori hizo lugar al amparo presentado por los vecinos y ordenó al Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires la construcción del hospital.[3]
Ese mismo año se sancionó la ley 1.769 que ordenó la creación de un hospital para la zona sur pero sin determinar el tipo de hospital. Inicialmente se proyectó su construcción en tres etapas.[4] La primera, donde funcionó como centro de salud y atención primaria a través de consultorios externos, se inauguró en 2009.[5] En 2016 se inauguró un nuevo módulo que sumó atención de guardia general, Clínica Médica, Pediatría, Traumatología, Psiquiatría, Psicología, Tocoginecología, Obstetricia y Farmacia, además de personal de bioquímica, radiólogía y enfermería.[6] En 2020, mediante un decreto del gobierno de la ciudad, se transformó formalmente de Centro de Salud en Hospital, lo que reavivó reclamos de vecinos y organizaciones sociales que juzgaron que la institución no contaba con las instalaciones o las prestaciones adecuadas para ser considerado como tal.[7][3][8][9][10]
Durante la pandemia de COVID-19 funcionó de facto como hospital de agudos sin serlo, recibiendo pacientes para hisopado, aislamiento e internación, destinando 10 camas a terapia intensiva y otras nueve a estadías cortas o pacientes en recuperación.[11]
De acuerdo al gobierno de la ciudad, en 2021 se inauguró un área de laboratorios e imágenes, los quirófanos y la terapia intensiva, el área de internación y el hospital de día, mientras que en 2023 se completó el área de Internación, que cuenta con 18 habitaciones dobles y 4 habitaciones de aislado, y se amplió el área de apoyo médico, que sumó 40 nuevas camas de internación.[2]
Su denominación se debe a la ley 3.413 de 2010, que lo bautizó con el nombre de Cecilia Grierson en honor a la primera médica argentina.