Nacido en Paipa (Boyacá), del hogar de Sebastián Agudelo Prieto y de Epifanía Gómez Mayoral.
Ingresó al Ejército Nacional en 1924, obteniendo el grado de Subteniente en 1925. Comandante de la guarnición militar de San Andrés con el grado de Teniente. A la fuerza ingresó también su hermano Miguel, quien alcanzó el grado de Mayor. En octubre de 1937, el capitán Manuel Agudelo fue ascendido a Mayor. En septiembre de 1938, Agudelo asumió por encargo la Dirección de la Marina, por ausencia temporal del coronel Diógenes Gil. En octubre de 1940, el mayor Agudelo asumió la dirección de fortificación del Ministerio de Guerra, siendo acreedor a la orden de Boyacá categoría oficial el 7 de agosto de 1941. Con el grado de Teniente Coronel, Agudelo asumió la subdirección de la Escuela Superior de Guerra, siendo destinado en enero de 1944 al comando del batallón de infantería Bomboná, ubicado en Buenavista.
En 1948, el coronel Agudelo fue nombrado capitán del puerto de Barranquilla, en reemplazo del capitán de fragata Aureliano Castro. Se desempeñó como Jefe Civil y Militar de los Llanos Orientales, donde presupuestó la construcción de un aeródromo para Florencia.[1] Posteriormente fue comandante de la Primera Brigada con sede en Tunja, hasta el 30 de mayo de 1953, cuando el entrante ministro de Guerra, Lucio Pabón Núñez, lo nombró Secretario General.
El día del Golpe de Estado de 1953, Agudelo se encargó de coordinar el reconocimiento del nuevo ministro de guerra y del nuevo comandante general en el batallón Caldas, para propiciar su captura y la activación del golpe militar contra el presidente Gómez. [2] Mediante decreto del 13 de agosto de 1953, Agudelo fue ascendido a Coronel.
A partir de la toma de la Presidencia por parte del general Gustavo Rojas Pinilla, el teniente coronel Manuel Agudelo fue nombrado Ministro de Comunicaciones, despacho desde el cual inauguró la sede de correos y telégrafos de Timbío y habilitó el servicio nacional de correos los sábados en la tarde. Ante la masacre de estudiantes de Bogotá del 8 y 9 de junio de 1954, [3] el gobierno nacional nombró como rector de la Universidad Nacional a Abel Naranjo Villegas, quien no aceptó la reapertura inmediata de actividades del plantel, por lo cual se derogó su designación y mediante decreto 2100 del 12 de julio de 1954, el coronel Agudelo asumió interinamente la rectoría.[4]
La persistencia del paro en la Universidad, que trajo consigo la renuncia de 35 profesores, llevó al coronel Agudelo a declarar el 18 de julio de 1954 que la Universidad se mantendría clausurada indefinidamente. Finalmente, el 4 de agosto de 1954, el Consejo Directivo de la Universidad Nacional eligió como rector en propiedad al médico bugueño Jorge Vergara Delgado, quien se encontraba para el momento al frente de la Universidad de Valle y que asumió el cargo el 10 de agosto.
Al no haber sido considerado para ser parte del gabinete que iniciaría labores el 7 de agosto de 1954, el coronel Agudelo solicitó su retiro del servicio activo el Ejército, siendo destinado como embajador en Argentina. Luego fue embajador en India y alcalde de Duitama. El 7 de agosto de 1981 asumió el coronel Agudelo la alcaldía de Corrales, siendo Heraclio Fernández Sandoval gobernador de Boyacá.[5]
El 3 de diciembre de 1999, el coronel Agudelo recibió de manos del presidente Andrés Pastrana el ascenso honorífico al grado de Brigadier General, junto con los coroneles Cuéllar Velandia y Julio Londoño Paredes. En la misma ceremonia fueron ascendidos a generales de tres soles los mayores generales Gabriel París y Deogracias Fonseca, expresidentes de la República.
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