Durante la Segunda Guerra Mundial, Wojtkowski fue arrestado junto con su familia y encarcelado en el campo de concentración de Lager Glowno-Posen Ost, desde donde fue deportado a Ostrowiec Świętokrzyski el 1 de diciembre de 1939.[3]
En 1944, obtuvo su examen de fin de estudios secundarios en la educación clandestina de Kielce, y un año más tarde aprobó el examen de fin de estudios secundarios en la escuela secundaria de matemáticas y física en Lublin. Entre los años 1945 y 1950 estudió en el Seminario Teológico de Lublin para la diócesis de Varmia. Fue ordenado sacerdote el 25 de junio de 1950 en Lublin por el obispo diocesano Piotr Kałwa. Ese mismo año obtuvo una maestría en teología en la Universidad Católica de Lublin. En dicha institución completó estudios de especialización en teología dogmática, que completó con un doctorado en 1953. En 1968 obtuvo su habilitación en teología dogmática e historia de los dogmas en la Facultad Pontificia de Teología de Cracovia.[2]
Desde 1952, en el Seminario Teológico de Varmia, sirvió como profesor, tutor, prefecto y rector. En el período de posguerra no pudo publicar sus obras. Hasta 1980 dirigió trabajo científico independiente, ya que no podía ser empleado en una universidad con derechos académicos. Entre los años 1980 y 1997 dirigió el Instituto Teológico de Varmia, donde también dio conferencias. Contribuyó al establecimiento de la Facultad de Teología de la Universidad de Varmia y Mazury, donde durante un año fue profesor titular en el Departamento de Teología Dogmática. En 1987 se convirtió en profesor asociado de la Academia Pontificia de Teología, y en 1997 en profesor titular.[4] Los principales campos de su investigación son la historia de los dogmas marianos en la Polonia medieval, las glosas y los pequeños textos polacos en los incunables de la Gran Polonia, así como la historia de la diócesis de Varmia.
El 17 de agosto de 1969, el Papa Pablo VI lo nombró obispo auxiliar de Varmia, con la sede titular de Murustaga. Recibió la ordenación episcopal el 22 de agosto de 1969, en la capilla privada del Primado de Polonia, Cardenal Stefan Wyszyński. El Primado de Polonia fue su consagrante, y los obispos Józef Drzazga y Jan Obłąk fueron sus co-consagrantes. Adoptó las palabras Veni Domine Iesu (Ven, Señor Jesús) como su lema episcopal. En Varmia, ocupó el cargo de vicario general. El 24 de febrero de 2004, el Papa Juan Pablo II aceptó su renuncia por edad al cargo de obispo auxiliar de Varmia.[5]
En la Conferencia Episcopal Polaca, presidió la Comisión para la Construcción de Iglesias y fue secretario de la Comisión para la Universidad Católica de Lublin. También fue miembro de la Comisión Mariana, del Consejo Científico y del Consejo para la Migración, el Turismo y las Peregrinaciones.[6] Asimismo, se convirtió en miembro de pleno derecho de la Pontificia Academia Mariana Internacional.
Murió en Olsztyn el 4 de febrero de 2026, cuatro días después de cumplir 99 años.[7]