El primer ejemplar de producción del J 2, (número de serie E.250/16) fue entregado en Adlershof el 2 de julio de 1916, y comenzó su prueba de carga estática por mandato de IdFlieg. Otto Mader, uno de los diseñadores del J 2, prometió al IdFlieg que el siguiente ejemplar, E.251/16, tendría una resistencia estructural aún mayor que la del fuselaje del E.250. El leutnant Theodor Mallinckrodt, el piloto que había "saltado" por primera vez el J 1 unos siete meses antes, voló en E.251/16 en el primer vuelo del tipo el 11 de julio de 1916. Mallinckrodt hizo una buena evaluación global del avión, juzgándolo como "muy maniobrable", con buenas cualidades de giro y un comportamiento aerodinámico seguro. Poco tiempo después, los pilotos de prueba del IdFlieg, los unteroffiziers Wendeler y Max Schade comenzaron a realizar pruebas completas de evaluación de vuelo de los seis ejemplares del J 2 cuando llegaron a Adlershof.
Schade finalmente pilotaria uno de los aviones de prueba en un vuelo de Berlín a Dessau a finales del verano de 1916, alcanzando una velocidad de 180 km/h, que era, unos 16 km/h más rápido que el contemporáneo Nieuport 11 francés, pero, como el avión de prueba J 2 todavía parecía quedar corto en las pruebas de rendimiento de ascenso cuando se evaluaba en relación con los diseños de estructuras de madera, como el entonces nuevo Albatros D.I, la estructura de acero del J 2 lo hacía demasiado pesado como para poder competir en combates aéreos sobre el frente.
Al menos un ejemplar (E.253/16) del J 2 estaba equipado con alas ligeramente más largas y alerones más largos, posiblemente en un esfuerzo por reducir la carga de las alas del diseño inicial del J 2, y al menos uno de los aviones estaba equipado con el entonces nuevo motor Mercedes D.III de 119 kW (160 CV), que alcanzó los 200 km/h (120 millas por hora) a máxima velocidad.
A pesar de los intentos de mejorar el rendimiento y la maniobrabilidad del J 2, a finales del verano de 1916, Hugo Junkers se había dado cuenta de que el uso continuado de chapa de acero eléctrico ya no era práctico para la construcción de aviones, lo cual escribía en su diario:
Como resultado de la primera (J 1) y la segunda (J 2) aeronave, uno se daría cuenta de que la eficiencia aerodinámica era muy buena. Pensamos que nosotros (los diseñadores de Junkers) estábamos en la colina. Desafortunadamente, este no fue el caso. Tuvimos que empezar de nuevo desde el principio. La razón fue que, a pesar de la velocidad horizontal favorable, la aeronave no podía cumplir con las especificaciones militares de ascenso... tuvimos que desarrollar una aeronave que no sólo tuviera baja resistencia para facilitar la maniobra en el plano horizontal, sino que pudiera ascender bien, una aeronave con una baja relación peso/potencia....
"Esto no se podía conseguir con acero, y tuvimos que elegir un nuevo material....metal ligero. Pero no sólo la elección del acero había resultado en un alto peso; lo habíamos construido demasiado pesado porque queríamos un avión seguro y en parte porque no habíamos extraído la resistencia estructural óptima del material".
Schade, después de hacer el vuelo récord Berlín-Dessau, perdería la vida en un accidente, al entrar en un trompo el 23 de septiembre de 1916 en uno de los J 2, y este evento, combinado con la deficiente capacidad de ascenso de la serie de aviones de prueba J 2, provocó que "IdFlieg" retirara todo apoyo gubernamental (terminando así el contrato de los J 2) a los avanzados diseños de monoplazas de la empresa Junkers hasta que se seleccionara un metal más ligero, como duraluminio, para tales diseños. El primer intento de utilizar duraluminio para la construcción de fuselajes por parte de la empresa Junkers fue el diseño monoplaza de fuselaje de aluminio de un solo asiento, nunca terminado, de ala media, J 3, accionado por un motor rotativo, del cual sólo las estructuras alares cubiertas de duraluminio de lámina corrugada y el enmarcado del fuselaje tubular "desnudo", sobre todo como un ejercicio de ingeniería, se terminaron poco antes de finales de 1916.
También se cree que la promesa contrastante de las características avanzadas y de baja resistencia de los diseños de aviones monoplanos de Junkers, frente al uso de materiales experimentales no tradicionales de chapa metálica por parte de la empresa Junkers, y el hábito de la firma de experimentar casi constantemente obstruyendo cualquier esperanza futura de producir sus diseños avanzados para la "Luftstreitkräfte", obligó a "IdFlieg" a crear la "Junkers-Fokker Aktiengesellschaft", abreviada como "Jfa" y pronunciada como si se deletreara "iefa" en alemán, el 20 de octubre de 1917,[1] para permitir que Anthony Fokker, quien incluso voló uno de los aviones J 2 en pruebas a finales de diciembre de 1916, mejore la futura producibilidad de los diseños avanzados de la firma Junkers.