Matías Chandón, oficial artillero de un regimiento de dragones, se dirige desde la ciudad de Perote para buscar una plaza de comandante de la batería y jefe de artificieros en el nuevo batallón provincial que se está formando en la ciudad de Cañada.
En todo momento, va conociendo a los involucrados de los acontecimientos en los que pronto él mismo se verá involucrado: A lo largo del viaje, a Juanito Concha y Pinole, párrocos de Cañada; el licenciado Manubrio, escribano español y sospechoso de pertenecer a la Audiencia de México, es decir, de perseguir a los sublevados a la Corona; y a Domingo Periñón, cura de Ajetreo. Se hospeda en la casa del corregidor de Cañada, Diego Aquino, junto a su esposa Carmen -con quien va entablando una relación platónica, plagada de coqueteos, que no prosperará-. Allí, conoce a los capitanes Ontananza y Aldaco, oficiales de lanceros de Muérdago, quienes lo interrogan. Al final, se sabe que serán jurado en la prueba que Chandón realizaría para obtener su plaza.
Cuando finalmente la obtiene -en perjuicio del candidato español Pablito Berreteaga, hijo del intendente de Plan de Abajo, del mismo nombre-, es invitado a departir en la "tertulia de la Casa del Reloj": Reuniones en que los conspiradores de Cañada y del estado vecino de Plan de Abajo fraguan la revolución que tienen pensada para octubre próximo -la historia arranca en junio-. Además, conoce al capitán Adarviles, de Cañada; a Emiliano Borunda, dueño de dicha casa; al doctor Benjamín Acevedo, al señor Mesa, estos tres últimos hombres prominentes de esa misma ciudad; a Manrique, el redactor de las actas; y a Cecilia Parada, la esposa de Chandón al momento de contar la historia (30 años más tarde).
Todos ellos conforman La Junta, los cuales, según el razonamiento de Diego, podrán proclamar "pacíficamente" la independencia de la Nueva España; contrarios a esta idea -es decir, a que será la opción armada la que garantizará el éxito- son Periñón, Ontananza, Aldaco y el propio Matías Chandón. De ese modo, Chandón se ocupa de entrenar a su cuerpo de batería, armando simulacros, buscándoles alojamiento separado del cuartel, ganándose su confianza.
Mientras tanto, Matías recibe la encomienda de emprender una leva en la región, a fin de ampliar el personal de nuevo batallón provincial. Durante su viaje de misión, Periñón, Ontananza y Aldaco consiguen que enrole hombres de confianza de los diversos poblados de Cañada y de Plan de Abajo y reciban adiestramiento militar necesario para la revolución. Además, logra conocer geográficamente la región y otros contactos útiles para la causa: Periñón, aprovechando su amistad con el intendente Berretaga, consigue que pasen unos días en casa de este, un libro sobre cañones y conocer la ciudad de Cuévano.
A medida que el plan se va consolidando, algunos miembros muestran signos de abandonar la Junta, convencidos de que implicará un grave derramamiento de sangre, o bien, que no tendrá éxito y sus participantes serán sentenciados a muerte. Sin embargo, la situación se complica cuando el padre Concha, de por sí delicado de salud, cae en cama; sintiéndose morir, se confiesa, delatando a la Junta. Aunque el padre Pinole es quién le otorga la extremaunción, este no es digno de confianza por su fama de chismoso, cosa que se comprueba cuando va a comunicárselo a Diego.
Por su parte, el capitán Adarviles, quién lo había visitado minutos antes de su muerte consciente del arrepentimiento del cura, cree que Concha ha desbaratado la conspiración y procede a delatarse ante el alcalde Ochoa -español- a cambio de inmunidad. Manubrio, quien jugaba ajedrez todos los días con Ochoa, resulta clave en atrapar a la Junta: Por una indiscreción previa de Matías Chandón, deduce quiénes podrían ser los sublevados. Dado que Adarviles deseaba, a su vez, no mostrarse como el traidor ante sus compañeros, Manubrio también prepara la trampa para esclarecer el caso.
A lo largo de lo que serán los mejores capítulos de la novela (y probablemente de toda la narrativa de Ibargüengoitia), Manubrio va manipulando los hechos que finalmente desembocarán en la captura de los Aquino, Borunda y Mesa, salvándose Adarviles y apenas logrando escapar Matías Chandón a instancias de Carmen. La escena de la despedida -después de varios escarceos románticos entre ambos- resulta una de las más memorables de la historia.
La misión de Matías, tras el frustrado levantamiento en Cañada, es iniciar el movimiento desde Plan de Abajo. Periñón realiza el "Grito de Ajetreo", Ontanaza y Aldaco hacen lo propio en Muérdago, así como la gente que Chandón había reclutado durante la leva. Tomadas estas plazas, deciden no dividir al ejército y dirigirse a tomar Cuévano, juzgada por Chandón como "indefendible", es decir, fácil de tomar. No obstante, tras mucha resistencia, se apoderan de la ciudad y de La Requinta, la fortaleza donde se habían refugiado varios españoles ricos. Este éxito aumentó el prestigio del "Ejército Libertador", obteniendo miles de reclutas de la zona, a su vez que ser tomados en serio por el gobierno virreinal.
Dejando a Aldaco a cargo de Cuévano, las siguientes acciones de guerra son la toma de Cañada, con la consiguiente liberación de los compañeros de la Junta, así como una primera organización política de la misma; y la marcha y toma de la Ciudad de México, considerados difíciles pero que podrían finiquitar la campaña emancipadora más rápido.
