Manuel Aguirre, llegó al Virreinato de la Nueva España e ingresó a los 20 años, e ingresó a la Compañía de Jesús el 18 de julio de 1735, en el Colegio de San Pedro y San Pablo de México donde estudió Filosofía y Teología de donde egresó en 1746. Realizó la profesión sus votos y el cuarto voto lo hizo en Puebla de los Ángeles en 1747.
En 1748, fue enviado a la Provincia de Sonora, a la región de los Pimas, en la Pimería Alta, en la Misión de Nuestra Señora de la Asunción en Caborca, luego fue enviado a la región de los ópatas en Bacadéuachi donde permaneció de 1749 a 1767,[2] donde evangelizó a los nativos, construyó la capilla de nuestra Señora de los Dolores al Templo de Nuestra Señora de Loreto (Bacadéhuachi), se convirtió en visitador general de las misiones de la provincia de Sonora, colaborando con el visitador Carlos de Roxas. Aprendió la lengua ópata e hizo dos tratados lingüísticos de la lengua ópata.
En 1762, Aguirre ya era rector, sustituyendo al P. José Garrucho, y el 29 de septiembre de 1763, comenzó a visitar la provincia, por lo cual hay múltiples cartas relatando la situación y operatividad de los jesuitas de la región a su cargo y que visitaba, opinaba, sugería e informaba a su superiores, civiles y eclesiásticos.
Aguirre reportó en 1764, a su provincial Francisco Zeballos,[3] que Onapa[4] fue la única misión que no había sido devastada por los apaches, seris, ópatas o pimas. En 1764, enfermó varios meses. En 1765, era viceprovincial, y a sus 50 años, Aguirre, ya tenía algunos achaques en las manos por lo que en 1766 se le asignó como ayudante al P. José Liébana.[5]
Aguirre era tomado muy en cuenta por el gobernador Juan Claudio de Pineda, pues tenía alto concepto del criterio del P. Aguirre, lo consultaba con frecuencia y no pocas veces aceptaba sus decisiones, que frecuentemente eran a favor de los sobaipuris, exigiendo con firmeza el acatamiento de las medidas por el gobierno; también se le preguntaba sobre situaciones particulares como su opinión sobre si Tucson era apto o no para formar ahí un pueblo, donde su respuesta cita las Leyes sobre Reducciones de que trata la Recopilación de Indias.
En 1767, Aguirre recibe comunicado del 29 de julio de 1767, como Visitador General del gobernador Juan Claudio Pineda, donde le informan sobre el término de su función en esas tierras. Para ello Aguirre tuvo que viajar a la Tarahumara y cumplir la orden, teniendo que elaborar un inventario de los bienes de los jesuitas que partirían al exilio.
Aprendió el ópata (idioma eudeve y Idioma Tubar) en Chinapas, realizando en esta lengua varios escritos, dedicados al obispo XVI de Durango, Pedro Tamarón.[6]
Fue uno de los varios jesuitas desterrados en 1767 y que en la primavera de 1768 respondió a la orden de destierro decretada por Carlos III un año antes. Las misiones más alejadas e inaccesibles, fueron las últimas que dejaron los misioneros de México y en el arduo viaje hacia el puerto de Veracruz, desde donde debían partir rumbo a Cádiz,
Sufrieron rigores que varios de ellos enfermaron y otros fallecieron; entre los que no pudieron soportar el traslado se encuentra el padre Aguirre que, desde hacía algunos años, sufría un avanzado reumatismo que le tenía discapacitado. Murió poco antes de embarcarse en Magdalena Jalisco a los 53 años.
