El puerto de Acajutla fue el puerto principal de la provincia de Sonsonate. El principal producto del comercio era, al igual que el resto de la capitanía general de Guatemala, el añil. Se trataba de un puerto de menor entidad para el comercio entre los virreinatos de Nueva España y del Perú, con difíciles condiciones para la navegación por la presencia de arrecifes y fuertes corrientes. En la Carta de Relación de 8 de marzo de 1576 de don Diego García de Palacio, se describe el puerto de la siguiente forma:[2]
Es una playa de mucha resaca y tumbo, y no tiene facción ni talle de puerta, de mala y enferma posición, sustentárse los navíos que allí surjen con todos los daños dichos, porque hace la mar en una arecife que hay en la dicha playa una vuelta y resaca de mar tan fuerte que hace estar los navío suspensos sin hacer fuerza en los cables y áncoras, y este solo beneficio tiene para tantos daños y la necesidad precisa que de él tienen y falta de otro tal en toda esta comarca y cercanía en que se hallan los vecinos y mercaderes de la villa de la Trinidad que está poblada en los dichos Izalcos
En el siglo XVIII, el puerto estaba en mal estado, aunque contaba con dos edificios de bodegas que estaban a cargo de los pobladores, estos edificios contaban con 10 piezas de artillería.[2]
Sin embargo, en 1801, el señor Juan Bautista de Irisarri solicitó al capitán general de Guatemala autorización para construir en el puerto de Acajutla un muelle para facilitar el comercio en el puerto y fomentar el comercio del Sur Pacífico. Esta solicitud se contestó el 5 de febrero de 1802, y la construcción del muelle y los edificios de aduana del puerto empezó en 1805. Éste puerto llegó a llamarse Puerto Nuevo.[2]
Por Decreto Federal de 10 de diciembre de 1831, el puerto de Acajutla fue declarado puerto mayor de la República Federal de Centro América.
El título del puerto se derogó por el Decreto Federal de 19 de enero de 1835, que le dio la categoría de puerto mayor al puerto de La Libertad, dejando al puerto de Acajutla con el título de puerto menor.
En el 8 de febrero de 1853, el gobierno Salvadoreño celebró un contrato con el doctor Drivon para que edificara las aduanas y bodegas del Puerto por la suma de 5000 pesos. A fines de mayo de 1854, el muelle construido por el doctor Drivon fue puesto en servicio, en el 15 de agosto de 1855, entregó al gobierno las bodegas y aduanas.
El 30 de octubre de 1869, se firmó un contrato entre el gobierno y el coronel Manuel Mendoza y don Joaquín de Matheu con el objeto de construir un muelle de hierro. A fines de 1870, se terminó la construcción del muelle y se puso en servicio en enero de 1871.[2]
En el año de 1900, se trasladó el Puerto de Acajutla. En el nuevo sitio, localizado en el extremo oeste de la ciudad de Acajutla, fue llamado Puerto Viejo. La Compañía del Muelle de Acajutla construyó un muelle de hierro de 700 pies de largo que se conectó con los ferrocarriles del Salvador Railway Company.[2]
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