Al igual que en la serie de anime, los jugadores juegan como protagonistas de la historia en el mismo entorno que los personajes del anime, quienes también participan en el viaje del jugador. El jugador debe aspirar a despejar los 100 pisos del Aincrad y subir de nivel a su avatar para aumentar su fuerza y habilidades. Los usuarios pueden unirse a otros jugadores de todo el mundo para hacer incursiones contra jefes y vencer a los jefes con éxito para llegar al siguiente piso de Aincrad.
En el año 2022, se lanzó al mundo el primer juego VRMMO completo conocido como Sword Art Online, y solo 10 mil jugadores pudieron obtener una copia para ellos mismos. El día del lanzamiento del juego, los 10 mil jugadores terminan atrapados en el juego. El personaje del jugador, un beta tester, también queda atrapado en el juego, donde conocen a otro beta tester llamado Koharu, con quien jugaron durante la prueba y prometieron encontrarse en el juego completo. Sin darse cuenta de su situación, el jugador la ayuda a practicar sus habilidades en la batalla, antes de darse cuenta de que el botón de cierre de sesión falta en el menú del juego.
El jugador y Koharu se ven obligados a tomar tantos recursos como sea posible para sobrevivir y luchar hasta el piso 100 para despejar el juego, durante el cual todos los jugadores serán liberados del juego. Sin embargo, morir en el juego también significa morir en la vida real. Durante el viaje, el jugador se encuentra con varias personas que lo acompañan en su viaje a través del juego de la muerte.
Un manga corto revela que el jugador finalmente descubre que Koharu tiene mucho miedo de morir, por lo que se ofrecen como voluntarios para entrenarla y los dos mejoran sus estadísticas juntos. En poco tiempo, el protagonista conoce a un jugador llamado Sachi. Koharu le hace una promesa a Sachi, diciendo que sobrevivirá a una incursión del jefe en la que el grupo está a punto de participar.[1]
Durante la incursión del jefe, el jugador lucha junto al líder del grupo, Diavel, así como a Kirito y Asuna, los principales protagonistas de la serie de anime original. Diavel intenta tomar el último ataque, pero no tiene éxito, lo que hace que el jugador lo proteja de los golpes mortales del jefe. Sobrevive y Kirito obtiene la última bonificación de ataque en su lugar, lo que hace que otros miembros del grupo de incursión lo acusen de ser un golpeador, o un probador beta y un tramposo en uno.
El resto de la historia continúa en el videojuego, que actualmente cubre los pisos 1-74. Sin embargo, los eventos de los pisos 15-19 no están cubiertos en el juego.
