Entre sus muchos cargos, fue secretario de las asambleas del reino de Castilla, prior de Castilla San Juan y patrón del convento de San Juan de Acre en Salinas de Añana. Sirvió ocho años bajo Enrique de Guzmán, conde de Olivares, y como secretario para el estadista genovés Giovanni Andrea Doria de 1579 a 1581.[2]
En su obra principal, República Mista o Mixta, publicada en Madrid en 1602 y dedicada al duque de Lerma, Fernández de Medrano argumentó que la mejor forma de gobierno era aquella que combina elementos de la monarquía, la aristocracia y la timocracia, basándose en las teoría romanista de Polibio y la helénica de Aristóteles. En el tratado se advierte de que cualquier sistema político, si carece de contrapesos y no cultiva las virtudes morales, tiende inevitablemente a la degeneración. Según Medrano, la religión, la obediencia y la justicia son los tres pilares del buen orden político: la religión legitima el poder, la obediencia garantiza la estabilidad y la justicia mantiene el equilibrio entre las clases sociales.[3]
El pensamiento de Medrano se inscribe en el contexto del debate político en la España de los Austrias y refleja las tensiones entre una monarquía cada vez más centralista y la necesidad de un gobierno equilibrado. La República Mixta se considera así una de las primeras obras europeas en sistematizar el concepto de constitución mixta, adaptándolo a las necesidades del gobierno católico del siglo XVII. La influencia de su pensamiento se dejó sentir en la corte española y entre los estudiosos de la filosofía política, contribuyendo a la difusión de un ideal de equilibrio entre poder y virtud.[3]