Con un total de 27 años al frente de la arquidiócesis, contando su tiempo como vicario general, fue uno de los prelados más destacados de la Iglesia católica en la República Dominicana.
Durante su período como vicario mantuvo una relación cordial y armónica con el Estado haitiano, evitando conflictos y llegando incluso a presidir los actos del aniversario de la independencia de Haití en 1835 en Santo Domingo, llevando en procesión el Santísimo Sacramento y cantando un Te Deum. Emilio Rodríguez Demorizi sugiere que quizás dicha actitud puede haber sido motivada por la prudencia, ya que la Iglesia prefería evitar una situación similar a la invasión de Louverture en 1803.
Acorde a lo dicho por Emiliano Tejera en 1894, Juan Pablo Duarte y Díez es recibido por Portes con el saludo: «¡Salve Padre de la Patria!» (1944).[4] Obra de José Alloza.
Aunque presto juramento y participó en las celebraciones por la Constitución de San Cristóbal, posteriormente se opuso firmemente a la misma. Destacó por defender los derechos de la Iglesia frente al poder estatal, especialmente en relación con los artículos que abolían los bienes eclesiásticos, las capellanías y los privilegios de fuero. A pesar de sus esfuerzos por eliminar estos artículos, Pedro Santana, entonces presidente de la República, se negó, lo que llevó a Portes a denunciar la violación de los derechos al prefecto de Propaganda Fide, el cardenal Felipe Fransoni.
En marzo de 1845, Felipe Fransoni le respondió a Portes respaldando su postura y expresó que: «...no debe permitir que sufran menoscabo los derechos de la Iglesia, aunque espera que eso no sucederá, dada la mucha fe y religión del pueblo dominicano». Más tarde, en marzo de 1846, Portes intentó solicitar la reforma de la Constitución al Tribunado, pero su petición fue rechazada abrumadoramente.[6]
El 20 de enero de 1848, gracias a las gestiones de Santana, el papaPío IX lo nombró arzobispo, aunque degradando la arquidiócesis a no metropolitana. El 27 de marzo de ese año, escribió al Congreso de la República Dominicana solicitando la creación de un Colegio-Seminario. Esta iniciativa culminó en la fundación del Seminario Conciliar Santo Tomás de Aquino el 8 de mayo de 1848. Este seminario fue el único plantel educativo que existía en el país en ese momento, hasta la creación del Colegio de San Buenaventura en 1852.[7]
Durante la invasión haitiana de 1849, el cónsul de la República Francesa, Victor Place, influyó en el Congreso de la República para convocar al expresidente Santana a repeler la invasión. Santana y sus hombres al llegar a la capital, se toparon con obstáculos debido al clima de temor que se había generado en la ciudad. Tanto Place como el arzobispo Portes, tuvieron dificultades para aplacar ese temor, pero finalmente lograron superar los obstáculos y Santana lideró una defensa exitosa.[8]
En mayo de 1851, Portes celebró el quinto sínodo diocesano de Santo Domingo y, en el mismo año, se convirtió en uno de los primeros dominicanos en hacerse a un daguerrotipo junto con Santana y el presidente de la República, Buenaventura Báez.[9]
En marzo de 1853, se desencadenó un enfrentamiento verbal entre Portes y el presidente Santana en el Congreso. Santana instó a Portes a jurar la Constitución, un acto al que inicialmente Portes se negó. Anunció su intención de abandonar el país, pero posteriormente se retractó y envió al presbítero Antonio Gutiérrez, reconocido partidario de Santana, para que jurara la Constitución en su nombre en la Catedral. Este episodio refleja la tensión entre el poder político y la Iglesia durante ese periodo de la historia dominicana.[10]
Portes fue significativo en unir la Iglesia dominicana en las celebraciones del dogma de la Inmaculada Concepción en 1855, que fue declarado por Pío IX en la bulaIneffabilis Deus. Ante la debilidad de sus fuerzas, logró que la Santa Sede nombrara un arzobispo coadjutor en 1857, quien lamentablemente falleció cinco meses después de su consagración. Portes designó por escrito al peruano Gaspar Hernández para encabezar la arquidiócesis tras su muerte.