Luego del terremoto de San Juan de 1944 que destruyó la mayor parte de la ciudad, se conformó el Consejo Nacional de Construcciones Antisísmicas y de Reconstrucción de San Juan siendo precedida por Juan Victoria, quién militaba en la Unión Cívica Radical Intransigente y al ser ingeniero en petróleo, tenía estrechos vínculos con el presidente Arturo Frondizi.[7] El consejo tenía como objetivo reconstruir la ciudad, pero no contemplaba la construcción de edificaciones culturales, por ello Victoria le solicitó al presidente Frondizi un presupuesto extra para el auditorio.[8] El presidente agregó también al presupuesto un monto de 28 millones de pesos para comprar el órgano de tubos del auditorio, y más de 500 millones de pesos para el Auditorio y la Escuela Superior de Música. Existió controversia por los gastos del auditorio en si, ya que muchas personas aún vivían en casillas de madera. Pese a las críticas de la oposición liderada por la Unión Cívica Radical del Pueblo, el proyecto se concretó. La ley que estipulaba el presupuesto y ordenaba su construcción fue sancionada con éxito en 1959,[7] mientras que el llamado a licitación fue en 1962,[9] y el auditorio se finalizó recién en 1970 y se terminó por bautizar como Auditorio Juan Victoria.[7] El proyecto del Auditorio y de la Escuela Superior de Música fue planificado y realizado por Federico Malvárez y Mario Para Baldi, además fue supervisado por Carmen Renard.[8]
Los responsables realizar los trámites y gestiones pertinentes para construir tanto el Auditorio Juan Victoria como su órgano fueron Hilario Sánchez y el músico y organista Julio Perceval. El mismo Perceval indicó las características aconsejables para un órgano con una sala de estas características.[10]
La instalación del órgano tardó cuatro meses y fue comandada por Carlos Hense, descendiente de la familia de organeros que han representado en la Argentina a la firma constructora de órganos Walcker. El concierto inaugural fue brindado por Luis Ángel Machado, de la Universidad Nacional de Rosario el 21 de julio de 1970.[2]
El Auditorio Juan Victoria y su órgano fueron refaccionados como consecuencia del terremoto del 18 de enero de 2021.[11] El trabajo de restauración estuvo a cargo del organero Carlos Merlassino, las reparaciones estuvieron financiadas por el gobierno nacional. La restauración incluyó el enderezamiento y soldadura de algunos tubos y la afinación del total de ellos. Además se restauró la caja que sufrió roturas por el terremoto.[12] El concierto de abertura se llevó a cabo el 7 de octubre y fue brindado por el argentino Matías Sagreras y el alemán Joseph Luy.[11]
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