Le début d'étape est calme, et l'ascension du col du Glandon escamotée par les coureurs. Toutefois, dans la courte descente qui suit le Rivier d'Allemont, Marco Pantani chute et se blesse au genou droit. Proche de l'abandon, craignant une fracture, il est finalement rassuré par Gérard Porte, le médecin du Tour, et par son directeur sportif Davide Boifava, puis revient au sein du peloton avec l'aide de ses équipiers[1],[3],[4].
La course se déclenche dès les premières rampes du col de la Madeleine. Deux coureurs de la Gewiss-Ballan se portent à l'avant : Piotr Ugrumov, neuvième du classement général, et Bjarne Riis, accompagnés de Nélson Rodríguez. Au sommet, le trio compte un peu plus d'une minute d'avance sur le groupe maillot jaune, secoué durant l'ascension par des attaques de Luc Leblanc, Richard Virenque et de Pantani, annihilées par Miguel Indurain. Adoptant un rythme plus lent dans la descente et dans le début de l'ascension vers Val Thorens, le groupe des favoris laisse champ libre aux échappés, qui creusent l'écart. Riis, qui a assuré l'essentiel du travail, craque rapidement et laisse filer Ugrumov et Rodríguez[1],[3]. Sur ordre de son directeur sportif, ce dernier ne prend aucun relais, sous prétexte qu'Ugrumov joue le classement général, et provoque la colère du coureur letton qui l'invective. À l'arrivée, beaucoup plus frais, il s'impose facilement au sprint, Ugrumov devant se contenter d'une remontée au général. Sixième du Tour d'Italie quelques semaines plus tôt, « Cacaíto » Rodríguez remporte l'unique victoire européenne d'une carrière essentiellement disputée en Amérique du Sud, le jour de la fête nationale colombienne[3],[4],[5].
«
Si l'un de mes coureurs avait couru comme Rodríguez, j'en aurais honte.
»
Derrière eux, Pantani attaque une nouvelle fois, et distance les autres coureurs du groupe maillot jaune. Encore une fois parti à contretemps pour la victoire d'étape, il échoue à un peu plus d'une minute de Rodríguez et Ugrumov, mais en profite pour passer Leblanc au classement général et s'installe à la troisième place, à 50 secondes de Virenque. L'étape est en revanche fatale aux ambitions d'Armand de Las Cuevas, quatrième du classement général le matin mais victime d'une bronchite, et relégué à plus de 20 minutes à l'arrivée[4]. Enfin, pas moins de 68 coureurs sont repêchés par les commissaires de course alors qu'ils étaient arrivés hors-délais à Val Thorens, dont le maillot vert Djamolidine Abdoujaparov[1],[3].