Après le meurtre d'Henri III de France, la Ligue catholique entre en guerre ouverte contre son successeur Henri de Navarre. En novembre 1589 Alexandre Canigiani est envoyé dans le Languedoc pour tenter d'organiser les forces armées catholiques et en février1590 il conseille au pape d'envoyer des troupes et des financements à La ligue. Le il reçoit solennellement à Aix le duc Charles Emmanuel Ier de Savoie[3] qui se considérait, non sans arrière-pensées annexionnistes, comme «Gouverneur de Provence» (1591-1592) pour le compte de la Ligue [4]. Alexandre Canigiani se retire ensuite à Rome où il meurt le .