Probablement né entre 95 et 90 av. J.-C., Antiochos XIII est le fils aîné d'Antiochos X Eusèbe et de Cléopâtre V Séléné, celle-ci ayant été la régente du royaume de Syrie après la mort d'Antiochos X entre 92 et 85. Il a un frère cadet identifié comme étant Séleucos VII. En 79, quelque temps après la conquête de la Syrie par Tigrane II d'Arménie (83), il est envoyé à Rome avec son frère par leur mère, afin de réclamer les couronnes de Syrie et d'Égypte, sachant que Ptolémée XI a été assassiné en 80 av. J.-C. Le Sénat les reconnaît comme héritiers légitimes du trône de Syrie mais préfère ne pas se prononcer quant au sort de l'Égypte. L'ambassade à Rome des princes séleucides est mentionnée par Cicéron[1]. Sur le chemin du retour, ils sont victimes du préteur Verrès qui les dépouille à Syracuse d'un riche candélabre en bronze orné de pierreries. On ne sait pas ce qu'il fait après : peut-être s'est-il réfugié en Cilicie, attendant la suite des événements, ce qui expliquerait son surnom d'« Asiatique ». Pompée lui reprochera par la suite son inactivité.
En 69 av. J.-C., sa mère Cléopâtre V Séléné est capturée et exécutée par Tigrane II, mais la victoire de Lucullus sur les Arméniens à la bataille de Tigranocerta permet à Antiochos XIII de s'installer sur le trône de Syrie, aux dépens de son frère Séleucos VII, avec le soutien de la population d'Antioche. Lucullus désire en effet affaiblir Tigrane II en reformant le royaume séleucide que celui-ci a annexé quinze ans auparavant[2].
En 67/66, Philippe II Philoromaios, soutenu par la population d'Antioche, expulse Antiochos XIII de la cité ; il est alors capturé par le prince arabe d'Émèse, Sampsigéram Ier. Celui-ci le restaure vers 65 avant que Pompée ne parvienne en 64 à Antioche pour le déposer et transformer la Syrie en province romaine[3]. Antiochos XIII se réfugie chez Sampsigéram qui l'élimine pour se concilier Pompée.