Fils de paysan, après des études de théologie catholique, Anton Gebert est ordonné prêtre le à Prague. Il est d'abord chanoine du chapitre de la cathédrale Saint-Guy de Prague[1]. Le , il obtient son doctorat en théologie. Il est professeur de catéchèse à la Faculté de théologie de l'université allemande de Prague. Il est aussi recteur de l'église Saint-Sauveur de Prague qui dépend de l'université.
En , Gebert et le prélat Josef Grüner approchent le chargé d'affaires allemand à Prague, Andor Hencke(de), avec une demande de nouveaux diocèses allemands en Bohême. Cette demande est justifiée par la plus forte "fiabilité nationale" du clergé sudète-allemand, qui est supérieure à celle des Allemands de l'ancien Reich et des Autrichiens, qui est «prouvée par sa position de combat contre les Tchèques». Après l'occupation du reste de la Tchéquie et l'établissement du protectorat de Bohême-Moravie le , Gebert devient l'aumônier local de la Wehrmacht. Il vit dans une maison, Burgplatz 6 dans Prague 4.
En 1940, le cardinal Karel Kašpar, archevêque de Prague, charge Gebert de la pastorale des prêtres tchèques arrêtés. Aux premières heures du , il est lui-même arrêté[1] et conduit à la prison de Pankrác. Le mandat d'arrêt est émis le par le juge de district Seidl. Le , le procureur en chef du Sondergericht de Prague(de), Franz Ludwig(de), accuse Gebert d'avoir tenu des propos haineux, incendiaires et malveillants, des déclarations sur des personnalités de premier plan de l'État ou du NSDAP«qui sont la preuve d'une bassesse d'esprit» et l'écoute de radiodiffuseurs étrangers. Le , Gebert est condamné à un an de prison. Au lieu d'être libéré par la suite, il est emprisonné dans le Kleine Festung Theresienstadt puis déporté vers le camp de concentration de Dachau le au sein du Pfarrerblock. Il y meurt 17 jours plus tard.
L'urne avec ses cendres, enfermée dans un cercueil en bois, est enterrée dans sa commune natale de Heiligenkreuz. L'emplacement ne fut pas conservé.
1 2 (de) Miroslav Kunstat, Jaroslav Sebek, Hildegard Schmoller, Krise, Krieg und Neuanfang: Österreich und die Tschechoslowakei in den Jahren 1933 - 1948, LIT Verlag Münster, , 281p. (ISBN9783643507662, lire en ligne), p.137
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