Le gameplay de Blue Seed dans les combats se base sur un système de cartes au tour par tour où le joueur a la possibilité d'attaquer, de se défendre ou d'augmenter une aptitude d'un personnage[5]. Les combats se composent d'un groupe de trois personnages et les aptitudes correspondent à la force, à la défense et à l'agilité. Le nombre de cartes lors d'un tour est déterminé par ces caractéristiques[5].
Lors des combats, les cartes sont affichées avec des symboles, la carte avec une épée est utilisée pour l'attaque, celle avec le bouclier baisse la résistance de l'adversaire et la carte avec l'oiseau de feu, donne au joueur l'opportunité d'une nouvelle action[6]. D'autres cartes permettent d'augmenter la puissance d'attaque de 2 points ou bien la puissance de défense de 2 points[7]. Chaque action est représentée à l'écran par une petite séquence animée accompagnée d'un dialogue[8],[9].
Les personnages du manga sont repris dans le jeu, Momiji Fujimiya est le personnage principal, elle sera parfois secondée de Mamoru Kusanagi au fil de l'aventure[6]. Le jeu comporte également un personnage original, Kaori Kusunoki[7]. Blue Seed: Kushinada Hirokuden débute avec une équipe de trois personnages féminins : Momiji Fujimiya, Sawaguchi Kôme et Matsudaira Azusa[10]. D'autres personnages rejoignent l'équipe durant l'histoire, où chaque protagoniste possède sa propre technique[6].