Comme lanceur partant, Jones, un droitier, évolue pour les Mets de New York jusqu'à la fin de la saison 2000. À cinq reprises, dont quatre saisons consécutives (1995 à 1997, puis 2000), il enregistre 10 victoires ou plus, dont un sommet en carrière de 15 gains (contre 9 défaites) en 1997, l'année où il honore sa seule sélection en carrière au match des étoiles. Sa moyenne de points mérités s'élève à 4,13 au cours de ses années à New York et s'abaisse sous 4,00 à deux reprises. En 1994, son meilleur résultat, elle se chiffre à 3,15.
Devenu agent libre, Jones signe chez les Padres de San Diego le mais s'avère une déception pour sa nouvelle équipe avec une première saison difficile. Il ne remporte que 5 victoires et encaisse 19 défaites, un sommet dans le baseball majeur cette saison-là, en plus d'être le lanceur accordant le plus de coups de circuit dans la Ligue nationale[10]. Il met un terme à sa carrière après la saison 2002, aussi passée à San Diego.
En 2000, deux lanceurs des Mets portent le même nom puisqu'un autre lanceur, gaucher celui-là, porte les couleurs de l'équipe et s'appelle aussi Bobby Jones[11]. Les deux homonymes sont également coéquipiers chez les Padres en 2002.
Bobby Jones a lancé 245 parties dans le baseball majeur, dont 241 comme lanceur partant. Il compte 89 victoires, 83 défaites, 4 sauvetages comme lanceur de relève, 11 matchs complets, 4 blanchissages et 887 retraits sur des prises en 1518 manches et deux tiers lancées. Sa moyenne de points mérités en carrière se chiffre à 4,36.
