Le , les Rockies cèdent Jones et le lanceur droitier Lariel González aux Mets de New York contre le lanceur droitier Masato Yoshii. Il apparaît dans 23 parties des Mets en 2000, puis en 2002. Cette saison-là, il est échangé aux Padres de San Diego en compagnie de Jason Bay, alors joueur en ligues mineures, et joue dans quelques matchs, avant de compléter sa carrière par trois parties pour les Red Sox de Boston, la dernière le , jour de son 32eanniversaire de naissance.
Bobby Jones a disputé 99 parties en six saisons dans le baseball majeur, dont 47 comme lanceur partant. Sa moyenne de points mérités s'élève à 5,77 en 324 manches et deux tiers lancées. Il compte 14 victoires, 21 défaites, un match complet et 229 retraits sur des prises. Il a évolué pour les Mets de 2000 et les Padres de 2002 aux côtés d'un autre lanceur, droitier celui-là et plus connu, s'appelant aussi Bobby Jones.
