Brian Barton est repêché en par un club de la Ligue majeure de baseball, les Dodgers de Los Angeles, qui le réclament au 38etour de sélection alors qu'il est toujours étudiant à l'école secondaire[1]. Il ne signe toutefois pas de contrat avec les Dodgers et évolue au cours des années suivantes pour les Lions de l'université Loyola Marymount et les Hurricanes de l'université de Miami. Entré à Loyola Marymount grâce à une bourse sportive, il joue peu et est surtout utilisé comme coureur suppléant[2]. Insatisfait au bout d'un an, il sollicite l'université de Miami, se présentant en personne pour obtenir un poste chez les Hurricanes lorsque ses messages restent sans réponse, et parvient à faire transférer sa bourse d'études à sa nouvelle institution scolaire[2].
Il signe son premier contrat professionnel en 2005 avec les Indians de Cleveland et joue dans les ligues mineures avec leurs clubs affiliés jusqu'au niveau Triple-A, qu'il atteint en 2007[4].