En 2000, il est muté à la mission diplomatique à Moscou en tant que conseiller. Il revient à Berne en 2004, où il prend la tête de la section Sécurité internationale au sein de la Direction politique du DFAE. Il est chef suppléant du département politique VI (Suisses de l'étranger) à partir de 2008, puis chef du Centre de gestion des crises au DFAE à partir de 2010, avec le titre d'ambassadeur[3]. Il participe à ce titre à la libération des otages suisses Daniela Widmer et David Och qui ont été enlevés par les talibans au Pakistan[5],[7].
Le 10 novembre 2021, à la demande de la conseillère fédérale Viola Amherd, le Conseil fédéral le nomme directeur du Service de renseignement de la Confédération à compter du [8]. Il occupe ce poste jusqu'en [9].
12Michel Guillaume, «Christian Dussey: «Il est vrai qu’une partie de ce que nous faisons se situe dans une zone grise»», Le Temps, (ISSN1423-3967, lire en ligne, consulté le )
↑Valérie de Graffenried, «Là où se forment les décideurs: Déjeuner avec Christian Dussey», Le Temps,
↑(de) Christof Forster, «Der neue Chef des Nachrichtendienstes half früher mit, Schweizer Geiseln zu befreien», Neue Zürcher Zeitung, (lire en ligne, consulté le )
↑«Christian Dussey dirigera le Service de renseignement de la Confédération», Le Temps, (ISSN1423-3967, lire en ligne, consulté le )