Dominique Pauthe commence sa carrière au tribunal de Nevers (Nièvre) en 1983. Quatre ans plus tard, il rejoint la région parisienne, à Melun (Seine-et-Marne), toujours à l'instruction, puis à la fin de l'année 1992, à Évry, où il est chargé des affaires politico-financières[1].
Dominique Pauthe est nommé à la présidence de la 11echambre correctionnelle à Paris en où se jugent des dossiers financiers sensibles et complexes. En 2007, il préside les audiences du procès Sofremi où neuf prévenus, dont le fils de Charles Pasqua, Pierre Falcone et Jean-Charles Marchiani, sont accusés de détournement de fonds[1]. Au terme de ce procès, Pierre-Philippe Pasqua est condamné à un an et demi d’emprisonnement ferme et six mois avec sursis, Pierre Falcone à un an ferme et un an avec sursis, Bernard Dubois à trois ans avec sursis, Bernard Poussier à deux ans ferme et un an avec sursis, et Bernard Guillet à six mois avec sursis. Nicolas Maroslavac, Jean-Charles Marchiani, Iskandar et Akram Safa sont relaxés[3].
En , Dominique Pauthe préside le procès Jérôme Kerviel, où l’ex-trader est condamné à 5 ans de prison, dont 3 ferme, et au paiement de 4,9 milliards d’euros de dommages et intérêts à la Société Générale[6]. Le jugement dédouane intégralement la Société Générale de toute responsabilité, alors que des carences graves du système de contrôle interne ont été confirmées à Bercy par plusieurs hauts fonctionnaires de la direction du Trésor[7] et par la commission bancaire[8].
Le procès des emplois fictifs de la mairie de Paris