Eduard Profittlich naît dans une famille paysanne, huitième de dix enfants, et fait ses études secondaires à Linz, puis au séminaire de Trèves qu'il quitte pour entrer en 1913 dans la Compagnie de Jésus et fait son noviciat à Heerenberg (Pays-Bas), où les jésuites allemands se sont installés à la suite de leur expulsion provoquée par la politique du Kulturkampf de Bismarck. Son frère aîné Peter (1878-1915) part alors comme missionnaire au Brésil. Eduard, lui, poursuit ses études en exil, au scolasticat de Fauquemont (Pays-Bas).
Il est envoyé comme missionnaire jésuite en Pologne en 1924 et retourne en Allemagne l'année suivante. Il est prêtre de paroisse à Hambourg. En 1930, il est envoyé à Tallinn en Estonie, après avoir prononcé ses vœux perpétuels, comme curé de la paroisse Saint-Pierre-et-Saint-Paul. Il est nommé l'année suivante administrateur apostolique de l'Estonie, pays alors indépendant et qui compte une petite minorité de catholiques d'origine polonaise ou allemande de la Baltique. Il est nommé le archevêque titulaire d'Andrinople(de), après un accord entre le Saint-Siège et la république estonienne, et consacré un mois plus tard. Il a obtenu la nationalité estonienne en 1935. Il y a alors une dizaine de prêtres catholiques et des religieuses polonaises ou tchèques dans le pays.
Il demeure avec ses fidèles lorsque l'Estonie est absorbée par l'URSS en à la suite du pacte germano-soviétique, refusant d'être rapatrié en Allemagne, ce à quoi il avait droit en tant que citoyen allemand. La répression s'abat sur les chrétiens de différentes confessions. Soixante mille Estoniens sont déportés ou emprisonnés. Il fait trois fois des démarches auprès de l'ambassade allemande de Tallinn pour obtenir des visas de sortie à certains prêtres et religieuses catholiques et à des Allemands de la Baltique incarcérés par les Soviétiques. Il est arrêté par huit agents du NKVD le à deux heures du matin (avant l'invasion de l'Estonie par la Wehrmacht et après la déclaration de guerre de l'Allemagne à l'URSS le ) et transféré à la prison N°1 de Kirov où il est emprisonné dans l'attente de son procès qui le condamne à mort pour activités anti-soviétiques et espionnage.
Il meurt en prison le , avant que la sentence ne soit exécutée. Il a été réhabilité en 1990.
(et) Lambert Klinke, «Peapiiskop Eduard Profittlich: Elu ja saatus», Akadeemia. Eesti kirjanike liidu kuukiri Tartus, vol.12, no2, , p.288–297 (ISSN0235-7771).
(et) Lambert Klinke, «Katoliku Kirik Eestis 1918-1998», Akadeemia. Eesti kirjanike liidu kuukiri Tartus, vol.12, no4, , p.862–881 (ISSN0235-7771).
