Yeghegis possède un riche passé historique. À proximité, on trouve l'église médiévale de Zorats, le monastère de Tsakhats Kar et la forteresse de Smbataberd, ainsi qu'un cimetière juif du XIIIe siècle[5].
Le nom Yeghegis provient du mot arménien « yeghegn », qui signifie roseau[6]. Le village était également connu sous les noms d'Alagyaz et d'Erdapin.
Yeghegis fut un centre économique et politique important au Moyen Âge. Aux XIIIe et XIVe siècles, elle fut la capitale de la dynastie Orbélian, qui régnait sur la majeure partie du Zangezour. Cependant, après les incursions des armées de Tamerlan, ainsi que des forces turkmènes et perses, la domination des Orbélian prit fin au XVe siècle. Après que de nombreux tremblements de terre eurent ravagé Yeghegis et que la population arménienne locale eut été déportée de force en Perse, le village fut abandonné. Plus tard, il fut peuplé par des habitants turcophones. Suite au pogrom de Sumgait en 1988, des réfugiés arméniens déportés d'Azerbaïdjan s'y installèrent[7].
Des réfugiés de Sumgait s'installèrent dans le village en 1988[8].
L'église de Zorats (en arménien : Զորաց եկեղեցի, romanisé : Zorats Yekeghetsi, littéralement « église du soldat ») est une église arménienne unique, située sur une colline près de Yeghegis. Elle fut consacrée en 1303 par l'archevêque Stepanos, à une époque où l'Arménie était un État vassal de l'Empire mongol. L'église fut conçue de manière à ce que la cavalerie puisse recevoir les sacrements sans descendre de cheval[9].
Il existe à Yeghegis un cimetière juif datant du XIIIe ou XIVe siècle. La plus ancienne pierre tombale y est datée de 1266 et la plus récente de 1346. La communauté juive de Yeghegis était probablement d'origine iranienne[8]. Cette communauté, longtemps oubliée, fut redécouverte par l'évêque Abraham Mkrtchyan qui, avec son frère, fit une découverte fortuite en établissant un campement pour des orphelins de la première guerre du Haut-Karabakh. Le cimetière comprenait 64 pierres tombales différentes, probablement issues d'une communauté isolée parmi les communautés juives d'Iran et du Caucase[9].