Ender Inciarte signe son premier contrat professionnel en 2008 avec les Diamondbacks de l'Arizona. Il débute en ligues mineures la même année dans l'organisation des Diamondbacks[1]. Le , il est réclamé par les Phillies de Philadelphie au repêchage de la règle 5[2]. Au terme du camp d'entraînement des Phillies, il mérite un poste de substitut au champ extérieur pour le premier match de la saison 2013[3]. Il n'a cependant pas la chance de jouer un seul match de saison régulière pour Philadelphie et, trois jours plus tard, le , il est retourné aux Diamondbacks de l'Arizona en échange d'un montant d'argent[4].
Le , dans la victoire des Braves, 5-2 sur les Padres de San Diego, Inciarte est au champ centre pour le premier match joué au nouveau SunTrust Park d'Atlanta[7]. Devant 41 149 spectateurs[7], il réalise le premier retrait en captant une balle frappée par Manuel Margot des Padres, frappe aux dépens du lanceur Jhoulys Chacín le premier coup sûr puis le premier coup de circuit dans ce stade, et met fin au match en captant une balle frappée par Luis Sardiñas pour le dernier retrait de la rencontre[8],[9].
