C'est avec les Jays que Hinske fait ses débuts dans les majeures en 2002. Avec une moyenne au bâton de, 279, 24 circuits et 84 points produits, 158 coups sûrs dont 38 doubles, 99 points marqués et 77 buts-sur-balles soutirés, il est élu recrue de l'année dans la Ligue américaine. En défensive cependant, il est le joueur de troisième but ayant commis le plus d'erreurs dans l'Américaine, soit 22. Hinske se voit offrir à la fin de sa première saison un contrat de 5 ans pour 114 750 000 $.
La production offensive d'Hinske déclinera toutefois au cours des trois saisons et demie suivantes avec Toronto. Mais il termine 5e dans l'Américaine pour les doubles avec 45 en 2003, malgré une saison marquée par une blessure à la main droite.
Après la saison 2004, les Blue Jays firent l'acquisition de Corey Koskie et Shea Hillenbrand, deux joueurs de troisième but. Conséquemment, Hinske fut déplacé au premier but pour la saison 2005.
En 2006, les Jays comptent dans leur alignement le joueur de premier but Lyle Overbay et le joueur de troisième but Troy Glaus. Hinske est donc transféré au champ droit, où il doit lutter avec Alex Ríos pour un poste régulier. Rios connait un fort début de saison et Hinske est relégué à un rôle de réserviste.
Le , les Blue Jays cèdent son contrat aux Red Sox de Boston, avec qui il termine la saison par une séquence de 10 parties consécutives avec au moins un coup sûr.
Il ne prend part qu'à 84 parties en 2007 avec les Sox, mais remporte la Série mondiale avec l'équipe.
Rays de Tampa Bay
Eric Hinske signe un contrat des ligues mineurs avec les Rays de Tampa Bay le . Il se taille un poste comme voltigeur de droite avec sa nouvelle équipe et jouera 133 parties durant la saison. Pour la première fois depuis son année recrue en 2002, il atteint les plateaux des 20 coups de circuits et des 60 points produits.
Le , Hiske passe des Pirates aux Yankees de New York en retour du lanceur des ligues mineures Casey Erickson et du receveur/voltigeur Eric Fryer[2]. Les Yankees reçoivent également une somme d'argent (environ 400 000 $) des Pirates pour défrayer une partie du salaire (1,5 million par saison) de Hinske[3].
Le , Hinske signe un nouveau contrat d'un an et une année d'option avec les Braves[6]. Il frappe 10 circuits et produit 28 points en 117 parties jouées en 2011 et revient avec l'équipe en 2012. Il ne frappe que pour ,197 avec deux longues balles en 91 parties jouées à sa dernière année à Atlanta.
Eric Hinske a participé aux Séries mondiales trois saisons consécutives avec trois équipes différentes, une situation qui ne s'est vue que dans le cas d'un seul autre joueur dans l'histoire de la MLB. Hinske a joué en finale avec Boston en 2007, Tampa Bay en 2008 et les Yankees en 2009. Son équipe a remporté les grands honneurs en 2007 et 2009. Précédemment, Don Baylor avait joué dans trois finales consécutives avec trois clubs[8], dans une cause perdante pour les Red Sox de 1986 et les A's de 1988 ainsi qu'avec les Twins, champions de 1987.
