Issu d'une famille juive[2] mais non-croyant[3], il est scolarisé au lycée de Cölln[1]. Il adhère au Parti social-démocrate (SPD) à l'âge de 17 ans[2]. Il étudie le droit et les sciences politiques à l'université de Berlin, mais n'est pas autorisé à devenir avocat stagiaire, en raison de son engagement politique à gauche[1]. Il devient alors journaliste, couvrant les débats parlementaires. En 1909 il devient rédacteur en chef du Volksstimme, journal social-démocrate de Chemnitz[1].
Soldat volontaire durant la Première Guerre mondiale, il est blessé au combat, perdant l'usage de son oeil droit[1],[2]. Il co-fonde l'Association des invalides de guerre du Reich, et s'engage dans le militantisme pour les droits dans anciens combattants[1],[2].
Ernst Heilmann (à droite) avec d'autres prisoniers issus des milieux politiques et culturels (Kurt Magnus, Hans Flesch, Heinrich Giesecke, Alfred Braun et Friedrich Ebert junior), au camp de concentration d'Oranienburg en août 1933.
Les élections de 1933 portent au pouvoir les nazis. Incité par ses amis à fuir le pays, Ernst Heilmann refuse, faisant valoir que les simples membres du SPD, ouvriers, ne sont pour leur part pas en mesure d'émigrer, et qu'il ne partira pas s'ils ne peuvent le faire également[4]. Il est arrêté par la Gestapo le au Café Josty sur la Potsdamer Platz de Berlin[4], et interné et torturé successivement à la prison de Plötzensee puis aux camps de concentration d'Oranienburg, de Papenburg-Börgermoor, de Dachau et enfin de Buchenwald, où il est assassiné tôt le matin du par injection létale par un officier des SS. Le rapport délivré au commandant du camp sur son exécution le décrit comme un «éminent juif politique» (prominente politische Jude)[1],[2],[4],[5].