Eugène Goossens naît le à Bordeaux. Il est le fils du chef d'orchestre Eugène Goossens (1845-1906). Pour le distinguer de son père, il est parfois appelé Eugène Goossens fils ou Eugène Goossens II[1],[2].
Il se rend à Londres peu après la mort de Carl Rosa et devient violoniste, répétiteur et chef d'orchestre assistant de son père à la Carl Rosa Opera Company[1],[2].
Eugène Goossens dirige ensuite plusieurs troupes anglaises itinérantes d'opéra avant d'être engagé comme chef principal de la Carl Rosa Opera Company, qu'il dirige de 1899 à 1915[1],[2].