Le bassin hydrographique s'étend sur 14 762 km2 à travers le Liberia et la Guinée[3]. Avec ses 282 km de longueur, c'est l'un des six principaux cours d'eau du Liberia[1],[3], qui n'en compte que seize[4]. Le débit annuel moyen du fleuve Saint-John est de 136,06 m3/s d'après la station continentale de Baila[5]. Durant la saison des pluies, en octobre, le débit moyen est de 233,49 m3/s, alors qu'à la saison sèche (février) il descend à 18,95 m3/s en moyenne au même endroit[5].
L'embouchure du fleuve se trouve à environ 95 km au sud et à l'est de celle de la rivière Saint-Paul près de Monrovia[6]. La vallée est ponctuée de quelques rapides depuis la source jusqu'à l’océan, avec pourtant une seule cascade[1]. Le fleuve atteint sa largeur extrême (1 000 m) peu avant son estuaire à hauteur de l'île de Factory Island, qui est d'ailleurs la plus grande île[6]. Le fleuve doit son nom aux explorateurs portugais qui, au XVe siècle, le découvrirent le jour de la Nativité de saint Jean-Baptiste[1].
Le fleuve Saint John abrite une faune encore très riche et variée sur tout son cours. Parmi les espèces rencontrées, on trouve le Faux-gavial d'Afrique dans la moyenne vallée du fleuve[7]. On a dénombré au moins 65 espèces de poissons, dont plusieurs variétés de Mastacembelidae, le Barbeau ivoirien, Chrysichthys johnelsi, des Killi, des poissons-chats, la perche du Nil, et des Tilapia[8]. Les oiseaux nichent aussi bien sur les berges que dans les îles. Plusieurs espèces paléoarctiques, les bécassines, le Chevalier aboyeur, le Petit Gravelot ainsi que des mammifères comme le Chevrotain aquatique ou le Pangolin à triple crête fréquentent les zones humides de Kpatawee dans le comté de Bong[9].