Né dans une famille de musiciens, François Fernandez commence très jeune l'apprentissage du violon classique, dès l'âge d'11 ans il étudie en parallèle le violon baroque avec Gilbert Bezzina, pour finalement se consacrer uniquement à l'instrument baroque. Quelques années plus tard il poursuit ces études avec Sigiswald Kuijken et obtient le diplôme de soliste en 1980. Dès ses dix-sept ans, il joue au sein de l'orchestre baroque La Petite Bande.
