À la mort du duc FrédéricIer en 1105, FrédéricII âgé de quinze ans prend sa succession. En 1108, il accompagnait la campagne du roi HenriV contre Coloman de Hongrie; en 1110, il le suivit en Italie pour l'audience du pape PascalII. Lui et son frère Conrad, temporairement nommés régents du Saint-Empire, peuvent ainsi conforter leur position de force en Souabe et en Franconie au nord, où ils ont acquis des territoires étendus. FrédéricII est également connu pour avoir construit de nombreux châteaux en Alsace, y compris une forteresse sur une île de la Moder vers 1115, autour de laquelle se fonda la ville de Haguenau. Ce château est devenu palais impérial sous le règne de Frédéric Barberousse.
Judith de Bavière.
En 1120, FrédéricII se marie avec Judith (morte vers 1131), fille du duc HenriIX de Bavière de la puissante famille des Welfs. Deux ans plus tard leur fils Frédéric naît, possiblement à Haguenau. L'alliance des Hohenstaufen et des Welf n'a pas tardé à se révéler très fragile.
Lorsque la dynastie franconienne s'éteignit à la mort de l'empereur HenriV le , FrédéricII de Souabe, son neveu, devient candidat naturel pour le titre de roi de Germanie. Les princes se rassemblèrent le à Mayence; cependant, bien qu'il bénéficie du soutien de son plus jeune frère Conrad et de plusieurs familles, Frédéric perd l'élection au profit du duc Lothaire de Saxe. Selon certaines sources, l'archevêque Adalbert de Mayence, l'ancien chancelier de HenriV, avait influencé de façon déterminante le choix.
Peu de temps après déjà, des disputes violentes surgirent: en novembre, Lothaire a convoqué une diète à Ratisbonne, où il a déclaré que les domaines royaux de la dynastie franconienne devaient lui être restitués par les Hohenstaufen; toutefois, ils n'ont pas tenu compte de l'appel et le roi doit donc imposer le ban de l'Empire. Lors d'une assemblée à Goslar en 1126, il faisait agir les princes militairement contre FrédéricII et Conrad. Lothaire et ses alliés ont alors occupé les territoires en Lorraine, en Franconie et en Alsace; il n'osa pas d'attaquer les domaines familiaux des Hohenstaufen en Souabe. En 1127, le roi assiégea Nuremberg mais il n'a pas été en mesure d'occuper la ville.
Lors de combats, FrédéricII a perdu un œil (le Borgne) et ne pouvait donc être considéré comme candidat au trône. Ensuite, son frère Conrad a pris la tête et parvint à réunir suffisamment de soutiens pour se faire élire antiroi le à Nuremberg. En même temps, Frédéric fait constamment campagne pour regagner la ville de Spire; toutefois, tous les territoires franconiens, Nuremberg et l'Alsace furent perdus.
Après la mort de sa première femme, Frédéric épousa Agnès (morte après 1147), une fille du comte Frédéric de Sarrebruck. En 1134, Lothaire, couronné empereur à Rome, s'attacha de nouveau à lutter contre les Hohenstaufen, dans l'alliance avec son gendre le duc HenriX de Bavière. Frédéric était incapable de faire face à cette force supérieure et finit par se soumettre à Lothaire à Bamberg dans le courant du printemps 1135, suivi de son frère Conrad. Les Hohenstaufen, retournés en grâce, ont pu garder leur influence en Souabe et en Franconie. Lorsque Lothaire mourut en décembre 1137, Conrad a été finalement élu roi de Romains l'année suivante.
L'église Sainte-Walburge.
FrédéricII est décédé le 4 (ou 6) à Alzey. Il a été enterré dans l'église Sainte-Walburge de Walbourg en Alsace, de même que sa veuve Agnès de Sarrebruck. Selon les chroniques de son demi-frère l'évêque Othon de Freising, «Frédéric fut un chevalier si fidèle à son souverain et un ami si utile à son oncle que par vaillance, il a soutenu l'honneur du royaume chancelant, luttant courageusement contre ses ennemis [...].» Son fils Frédéric Barberousse lui a succédé comme duc de Souabe et a été élu roi des Romains en 1152.
Anthony Stokvis, Manuel d'histoire, de généalogie et de chronologie de tous les États du globe, depuis les temps les plus reculés jusqu'à nos jours, préf. H. F. Wijnman, éditions Brill, Leyde 1890-93, réédition 1966, Volume 3, chapitre VIII et tableau généalogique n° 87 «Généalogie des ducs de Souabe, II: Les Hohenstaufen » p.219.