Après la guerre, Fujii est envoyé au Royaume-Uni pour superviser la construction du croiseur Takasago, et est promu commandant le . Il rentre au Japon comme commandant en second du nouveau croiseur en et est affecté brièvement comme commandant en second du croiseur Saien, avant de recevoir son premier commandement sur la canonnière Chōkai(en) le . Il devient capitaine du croiseur Suma en et est promu au rang de capitaine en septembre de la même année puis est réaffecté sur le croiseur Akitsushima. Cependant, de mai à , il sert dans l'État-major du gouverneur-général de Taïwan, puis est brièvement attaché militaire à Berlin début 1902. Il est réaffecté à l'État-major de la marine de à [1].
Après la guerre, Fujii sert brièvement comme chef d'État-major du district naval de Yokosuka et de la 1reflotte et comme directeur de l'arsenal naval de Sasebo Il est promu vice-amiral le et devient vice-chef de l'État-major de la Marine impériale japonaise. En 1913, il est commandant en chef du district naval de Sasebo, puis en 1915, de la 1reflotte et du district naval de Yokosuka. Il est promu amiral le , devenant par la suite conseiller naval. Il entre dans la réserve en 1920[1].
Domaine d'Okayama
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Empire du Japon
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Marine impériale japonaise
