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Après avoir exercé des fonctions de responsabilités dans différents cabinets ministériels, Gilbert Flam est détaché à la Direction générale de la Sécurité extérieure (DGSE). Il devient chef du bureau des affaires protégées[2] puis du secteur contre-criminalité[2] jusqu'à son départ en 2002.
En 1999, dans le cadre d'un travail de routine propre à l'activité du service, il a dirigé une enquête sur le milliardaire japonais Soichi Osada et la Tokyo Sowa Bank. Une rumeur parlait alors d'hypothétiques comptes bancaires de Jacques Chirac au Japon et les liens supposés de Jacques Chirac avec ce milliardaire[3]. Or la DGSE n'est pas habilitée à diriger des enquêtes sur les liens que le Président de la République peut entretenir avec telle ou telle personnalité.[réf.nécessaire]
En 2000, une enquête administrative est alors demandée par Matignon et l'Élysée, pour établir si la DGSE a spécifiquement enquêté sur ce compte. L'enquête conclut par la négative, disculpant Gilbert Flam, et lui permettant d'être confirmé dans ses fonctions jusqu'à la fin de la mandature (2002)[réf.nécessaire].
Gilbert Flam affirme que les prétendus 300 millions de francs de Jacques Chirac de la Tokyo Sowa Bank ne furent qu'une manipulation. En effet, le DGSE ne disposerait d'aucun élément tangible prouvant une telle assertion et ce sujet semble être, aujourd'hui encore, le produit d'une rumeur médiatique.[réf.nécessaire]
Hauts fonctionnaires de gauche, Gilbert Flam et Jean-Claude Cousseran, alors directeur de la DGSE, quittent le service en 2002. Gilbert Flam est nommé vice-procureur au Tribunal de Grande Instance de Paris[4] tandis que Jean-Claude Cousseran est nommé ambassadeur de France en Égypte.
Le nom de Gilbert Flam apparaît également dans l'affaire Clearstream. Depuis , le juge Renaud Van Ruymbeke enquête sur l’affaire des frégates de Taiwan. Au printemps 2004, il reçoit plusieurs lettres anonymes et CD-ROM d'un corbeau prétendant dénoncer un réseau international d’influences et de malversations et des comptes bancaires occultes (895 au total) ouverts par de nombreuses personnalités du monde des affaires ou de la politique. Parmi ces personnalités, on retrouve Nicolas Sarkozy, Dominique Strauss-Kahn, Jean-Pierre Chevènement, Alain Madelin ou encore Gilbert Flam. Rapidement, il apparaît qu'il s'agit d’une tentative de manipulation visant le juge Van Ruymbeke, dont le scénario s’inspire beaucoup des thèmes développés dans le livre Révélation$ de Denis Robert.
Le Canard enchaîné a précisé qu'un classeur au nom de Gilbert Flam a été saisi chez le général Philippe Rondot, responsable de la coordination du renseignement de 1997 à au cabinet du ministre de la Défense Michèle Alliot-Marie. Le général Philippe Rondot menait une enquête interne, à la demande de Jacques Chirac, pour savoir si Gilbert Flam avait enquêté sur lui à la suite de cette affaire de compte bancaire japonais, le général Rondot a conclu qu'il n'avait pas enquêté sur Chirac. Il a précisé aux magistrats que ce compte avait été ouvert à sa connaissance en 1992, avant de se rétracter par voie de presse[5].
Le , Gilbert Flam et le journaliste Edwy Plenel, également victime de la manipulation Clearstream, décident d'«engager une procédure administrative contre l'État pour obtenir réparation des préjudices subis» en rapport avec l'affaire Clearstream[6]. Edwy Plenel, comme Gilbert Flam, fait partie des 41 parties civiles au procès qui a débuté le , et au cours duquel quarante personnes sont citées à comparaître[7].
