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Le «Gymnote» était une conception expérimentale et était donc sujet à des changements continus tout au long de sa durée de vie. Les travaux de construction échurent à Romazotti à la suite du décès des deux concepteurs originaux en 1885 pour Dupuy de Lôme et 1891 pour Zédé.
Le moteur Krebs est remplacé ensuite par un moteur électrique Sautter-Harlé à courant continu, d'une puissance maximum de 90ch développée à 200 V (moteur électrique calé sur l'arbre de l'hélice) et des accumulateurs électriques. Primitivement 564 accumulateurs d'une capacité de 93 millions de kilogrammètres à liquide alcalin système Commelin et Desmazures, auquel fut substitué en 1894, 200 accumulateurs système Laurent-Coly. Finalement en 1897/1899 on installa 100 accumulateurs de type nouveau de la Société pour le Travail des Métaux.
La quille fut posée le à l'Arsenal du Mourillon à Toulon exploité par la Société des Forges et chantiers, dont la société de Zédé était détentrice. Il fut lancé le à 10h0 par l'Amiral Abel Bergasse Du Petit Thouars.
Le Gymnote effectua sa première sortie le [5], avec à son bord Zédé et Romazzoti[1]. Long de 17 m[réf.nécessaire], manœuvré par un équipage de cinq hommes[1], il était propulsé par une hélice. Un moteur électrique multipolaire de 52 chevaux était alimenté par une batterieCommelin et Desmazures composée de 564 accumulateurs[6]; il atteignait huit nœuds en surface et quatre en plongée.
La construction du Gymnote fut décidée par l'amiralThéophile Aube, tête de file de la Jeune École, doctrine navale préconisant le recours à une multitude de petites unités — petits navires équipés de torpilles principalement — plutôt qu'à des navires de lignecuirassés.
Concrétisation des espérances de la Jeune École, le Gymnote réussit en 1890 lors de ses essais le premier forçage d'un blocus[1], en plongeant sous la quille d'un cuirassé sans être aperçu.
L'officier de marine Louis Jaurès, le frère cadet de Jean Jaurès, participa aux essais de 1888.
En 1899 installation de deux appareils extérieurs à griffes à verrou glissant porte-torpilles, système Terrien, situés à bâbord et à tribord par le travers du casque. Équipé de deux torpilles de 356 mm (modèle 1887) normalement lancées à une distance de 400 mètres à la vitesse de 27 nœuds (appareil de lancement de type Drezwiecki).
Le Gymnote en 1902.
Les commandants successifs, lieutenants de vaisseau, furent:
Baudry-Lacantinerie 09/1888 - 12/1889
Darrieus 08/1890 - 10/1891
Jaurès 02/1892 - 02/1893
Provençal 02/1893 - 10/1893
Cheron 10/1893 - 04/1896
Delage 04/1896 - 04/1897
Daveluy 04/1897 - 09/1898
Terrin 09/1898 - 04/1899
Méléart 04/1899 - 12/1900
Voisin 12/1900 - 12/1901
Colin 12/1901 - 06/1902
Jolivet 06/1902 - 02/1903
Morillon 02/1903 - 12/1903
Roussel 12/1903 - 04/1904
Locamus 04/1904 - 12/1904
Decoster 12/1904 - 06/1906
Charezieux 06/1906 - 09/1907
Le , ayant quitté Toulon le matin et naviguant en plongée, il heurta une roche près du cap Cépet: le gouvernail de direction avant et la fausse quille furent tordus. Le , les vannes du bassin de radoub de Castigneau où il devait être remis à flot ayant été ouvertes par accident, le Gymnote fut coulé sur place sans accident de personnel. L'eau de mer introduite par les panneaux ouverts causa des avaries irréparables. Les travaux de réfection ne furent pas entrepris, car ils auraient dépassé la valeur du bâtiment à l'époque. Les travaux représentaient la somme de 105 000 francs de 1907.
Le il est condamné; le il est désarmé. Rayé des listes le , le Gymnote fut conservé pour des expériences de sauvetage et de relevage. Il est vendu le à Toulon pour démolition à la société de M.Benedix.