Ward naît à Hereford, il étudie à l'école de la Cathédrale de Lincoln à partir de 1864. Ward commence ses études scientifiques en 1874 à South Kensington, il a comme professeur Thomas Henry Huxley (1825-1895) et William Turner Thiselton-Dyer (1843-1928). Il passe ensuite un an en 1875 au Collège Owens, ancêtre de l'Université Victoria de Manchester puis au Christ's College de l'université de Cambridge, où il étudie les sciences naturelles, de 1876 à 1879. Les études de Ward à Cambridge sont financées anonymement par un de ses condisciples de South Kensington.
En 1879, il collabore avec Julius von Sachs (1832-1897) à Wurtzbourg. Vers la fin de 1879, il part pour deux ans à Ceylan où il travaille pour le gouvernement, c'est à cette époque qu'il se spécialise dans la mycologie. Pendant son retour vers l'Angleterre, il passe quelques mois au laboratoire d'Heinrich Anton de Bary (1831-1888) à Strasbourg.
En 1883, il obtient sa maîtrise, la même année il se marie avec Selina Mary Kingdon, ils ont une fille, Winnifred Mary Ward, et un fils, Francis Kingdon-Ward (1885-1958) qui devient lui aussi botaniste. Il devient professeur assistant à l'Owens College. Ward devient membre de la Linnean Society of London en 1886, membre de la Royal Horticultural Society en 1887 et membre de la Royal Society en 1888, qui lui décerne la médaille Royale en 1893. À partir de 1885 et pendant dix ans il est professeur de botanique au Cooper's Hill College, qui fait maintenant partie de l'université Brunel, puis, de 1895 à sa mort, il enseigne à Cambridge.
À Cambridge, Ward prend en charge le département de botanique, il obtient la construction d'un nouveau bâtiment qui est inauguré en 1904 par le roi Édouard VII et la reine Alexandra.
Une grande partie de son travail et de ses études est influencée par Dyer, qui suggère de lui fournir un poste à Ceylan, qui use de son influence pour lui obtenir son premier poste à Owens, qui le pousse à étudier le processus de fermentation de la Ginger beer, qui aide à son entrée à la Linnean Society of London. On trouve aussi la signature de Dyer dans une lettre au premier ministre britannique Herbert Henry Asquith (1852-1928) afin d'obtenir une pension à sa veuve.
Ward meurt des suites d'un diabète en 1906, il est enterré à Cambridge.
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