L'histoire de Neuchâtel Xamax FCS débute au début du XXesiècle lorsque de jeunes étudiants dont le plus jeune Max Abegglen surnommé «Xam», qui a donné son surnom et son prénom à Xamax, cherchent à créer un club de football pour jouer face à des adversaires hors de leur collège.
Pendant la saison 1902-1903, le FC Neuchâtel participe pour la première fois aux finales du championnat. Après s'être incliné 0-5 face aux BSC Young Boys, il termine vice-champion du championnat, à égalité avec le FC Zürich[1].
Aux alentours des années 1910, une équipe d'étudiants organise des matches de football, dans la cour du collège latin, le lieu où ils étudient, puis sur le terrain du Mail, à Neuchâtel. Entre 1912 et 1916, sous l'impulsion de Max Abegglen, ils décident de se structurer, afin de pouvoir jouer face à d'autres adversaires. La première assemblée générale se déroula, donc, le mardi , lors duquel ils décident de donner le nom de FC Xamax, à leur nouveau club. Xamax reprend le surnom et le prénom du plus jeune de l'équipe (Max Abegglen).
Pendant les années 1920, le club construit son propre terrain, à Marin. À cause du manque de matérielle et de terrain, et malgré une fusion avec le FC Recordham de Colombier afin de pouvoir bénéficier du terrain des Allées, le club arrête la compétition. En 1927, il recommence la compétition en alignant plusieurs victoires, les menant en 2e ligue dès 1934. Malheureusement, c’est à nouveau un manque de terrain qui obligera le club à cesser son activité en 1943.
Après-guerre (1943-1970)
En 1953, le club est repris par Roger Facchinetti, surnommé «Galette». Après avoir recommencer en 4e ligue lors de la saison 1953-54, le FC Xamax est promu l'année suivante en 3e ligue, puis en 2e ligue durant la saison 1954-55, lors de laquelle, le club eût marqué 139 buts pour 9 encaissés.
Gabriel Monachon, le médiateur des négociations, est nommé président de Neuchâtel Xamax et Gilbert Facchinetti, le neveu de Roger Facchinetti, directeur sportif.
Alain Geiger devient entraîneur en 1998 mais, contraint par des finances de plus en plus maigres, se lance dans un long travail de formation de jeunes joueurs. Le club reste stable pendant 2 saisons (1998-99 et 1999-2000), mais est condamné deux saisons d’affilée à passer la moitié de l’année à disputer le tour contre la relégation. Mais les incertitudes quant à l’avenir sportif et surtout financier du club sont de plus en plus présentes dans les médias et des rumeurs de reprise du club par des investisseurs étrangers également.
En Claude Ryf remplace Alain Geiger, lui aussi un héros du club. Ce dernier, poursuivant la politique formatrice de son prédécesseur obtint des résultats positifs, Neuchâtel Xamax termine 3e du championnat, à 21 et 22 points de Grasshoppers et Bâle. Cette fin de saison 2002-03 se produit également la 4e défaite de Neuchâtel Xamax en finale de coupe par 6-0 contre le FC Bâle au Stade Saint-Jacques.
Pendant la saison 2003-2004, une sortie en coupe UEFA face à l’AJ Auxerre précéda une série de défaites et matchs nuls, de manque de financement, de rumeurs quant à un repreneur du club et d'un stade qui ne répond plus aux normes UEFA et ASF. La ville de Neuchâtel, à qui appartient le stade de la Maladière, parvient à un accord avec une entreprise générale afin d’obtenir la construction d’un nouveau stade de la Maladière.
Les finances et la situation sportive étant mauvaise, Alain Pedretti, malgré une minorité de pour, parvient à prendre une prise de participation dans le capital de la société anonyme du club, affichant des ambitions sportives pour Neuchâtel Xamax. Pedretti écarte Ryf, après plusieurs mauvais résultats, et place René Lobello et Christophe Moulin à la tête de l’équipe. Neuchâtel Xamax sauve sa place dans la ligue nationale A, dans un match de barrage, le dernier à la vieille Maladière, gagné 2-0, 1-2 contre le FC Vaduz[6].
Fin 2004, malgré une assemblée générale de réconciliation entre les actionnaires Fachinetti et Pedretti, une tension s'installe et Gianni Della Casa, le manager du club, s’en va au FC Sion[7]. Le , une nouvelle équipe au Conseil d’administration est nommée et Sylvio Bernasconi devient le président du club[8].
Début 2005, René Lobello démissionne et Alain Geiger est appelé à la tête de l'équipe. L’équipe termine la saison au 6e rang, et se qualifie pour la coupe Intertoto.
À la fin de la saison 2005-06, Neuchâtel Xamax finit 9e du championnat, à 1 point de la 8e place. Il affronte donc le FC Sion en match de barrage. Alors que le match aller, à l'extérieur, se termine sur un score de 0-0, le match retour est une défaite de 0-3, qui fait relégué le club en ligue nationale B. La première fois de 33 années de présence discontinue en 1re division Suisse. Malgré une déception énorme, la perspective d’un avenir meilleur fait son effet dans le club.
Fin , le contrat de Miroslav Blazevic n'est pas reconduit et Gérard Castella est intronisé entraineur. Pendant la saison 2006-07, seule une moitié de l’équipe de la saison précédente est conservée, auxquels des renforts sont venus s’ajouter afin de viser l’objectif de Neuchâtel Xamax, durant cette saison: la remontée immédiate.
La faillite de Neuchâtel Xamax (2011-2012)
Début , Sylvio Bernasconi, le président du club, vend ses actions à Bulat Chagaev, un citoyen russe d’origine tchétchène, qui devient ainsi le nouveau propriétaire. L’ancien footballeur russeAndreï Rudakov est nommé président du club le lors de l’assemblée générale du club.
Inculpé de gestion déloyale, Bulat Chagaev est placé en détention provisoire le . Le vice-président de Xamax, Islam Satujev, est également inculpé pour gestion déloyale et emprisonné à Neuchâtel le .
En , la presse révèle que les dirigeants de Xamax subventionnaient des associations islamiques.
La licence de Neuchâtel Xamax FC est retirée avec effet immédiat le par la Swiss Football League (SFL). Xamax ne participe plus à la Super League où il occupait la 4e place en . La SFL justifie cette décision par les retards dans le paiement des salaires de joueurs et par la non-présentation des documents financiers.
Bulat Chagaev libère les joueurs de l’équipe première le . Deux jours plus tard, le club dépose le bilan12. Dans la foulée, la justice neuchâteloise prononce la faillite de Neuchâtel Xamax[2],[9].
Après la faillite qui a dévasté Neuchâtel Xamax au début de l’année 2012, le mouvement junior est sauvé par la Fondation Gilbert Facchinetti et une 1re équipe est remise sur pied par un comité, le président Christian Binggeli et son fils Grégory, vice-président.
À sa création, les dirigeants du nouveau club avaient comme objectif de faire revivre une 1re équipe afin que ses fans puissent continuer de vibrer pour elle. Cet objectif est atteint grâce à l'affluence au stade de la Maladière et parce que le club est passé de 2e ligue interrégionale à la Super League en 6 ans. En 2013, il est champion de 2e ligue interrégionale, champion de 1re ligue classique en 2014, champion de Promotion League en 2015, deux fois vice-champion de Challenge League en 2016 et en 2017 et c’est en 2018 que les Rouge et Noir retrouvent la Super League. Un record de promotions successives inégalé, à ce jour, en Suisse[11].
En 2019, après une saison passé en Super League, le club, avant-dernier, doit passer par les barrages, face au FC Aarau, pour se sauver. Neuchâtel Xamax FCS perd 0-4, à la maison, au match aller, mais retourne le score au match retour (4-0) et gagne au tir au but et se sauve, notamment grâce au seul arrêt de la série de tirs au but, arrêté par le gardien neuchâtelois Laurent Walthert[12].
Le , Christian Binggeli, président ayant redressé le club après sa faillite, quitte la présidence pour la transmettre à, son actionnaire depuis 2020, Jean-François Collet.
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