Le , McKeon est nommé gérant des Marlins, près de six ans après la fin de son premier passage à la barre de l'équipe. Il succède à Brandon Hyde, qui avait dirigé l'équipe pour une partie après la démission surprise, le , de Edwin Rodriguez. McKeon hérite d'une équipe ayant subi la défaite à ses 10 derniers matchs. McKeon, 80 ans, devient le deuxième manager le plus âgé à diriger un club des Ligues majeures après Connie Mack, qui avait 87 ans à sa dernière saison chez les Athletics de Philadelphie[1]. À trois jours de la fin de la saison 2011, McKeon annonce qu'il prend sa retraite et ne reviendra pas avec les Marlins en 2012[2]. Cette annonce coïncide avec l'annonce de l'embauche d'Ozzie Guillén comme manager pour 2012. Les Marlins prennent le dernier rang de leur division en 2011 et encaissent 50 défaites en 90 matchs sous la direction de McKeon.