Le il est élu député de l'Oise à la Convention, le dixième sur douze, par 228 voix sur 427 votants. À Paris il s'installe sur les bancs de la Montagne. Lors du procès du roi, Isoré vote contre l'appel au peuple, pour la mort et contre le sursis.
Le , il est envoyé en mission dans l'Oise et l'Aisne. Il y prend des mesures contre les prêtres réfractaires. Un mois plus tard la Convention l'envoie auprès de l'armée du Nord. Avec son collègue Chasles il tente de mettre sur pied une armée dans le département du Nord. Félicité par le ministre de la Guerre Bouchotte, il parvient à lever ces troupes et les lance contre Douai. Cette armée obtient quelques succès, mais se livre à de tels excès que les représentants Florent-Guiot et Hentz la dénoncent au Comité de salut public qui la dissout.
Isoré poursuit sa mission dans le Nord jusqu'au printemps 1794 et y fait preuve d'une grande rigueur jacobine.
De retour à Paris, il effectue le 3 floréal an II () un rapport sur l'agriculture et l'approvisionnement de la capitale. Le 16 floréal (), ses collègues l'élisent premier secrétaire de la Convention sous la présidence de Carnot.
Isoré approuve le 9 thermidor et se voit ensuite chargé du ravitaillement de Paris. Au printemps 1795 il est renvoyé en mission en Eure-et-Loir. Absent lors de l'insurrection du 1er prairial an III, il approuve la répression anti-sans culotte effectuée par la Convention.
À la fin de son mandat Isoré n'est pas réélu et abandonne la vie politique. Le 3 fructidor an VII () le Directoire le nomme commissaire central de l'administration de l'Oise. Il perd son poste quelques semaines plus tard avec le 18 brumaire.
Isoré ne fait pas parler de lui sous Napoléon, ce qui ne lui évite pas le bannissement en 1816 pour régicide. Exilé à La Haye, il est amnistié par Louis XVIII le . Il rentre en France et meurt à Liancourt sous la Monarchie de Juillet.
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