Jean-Baptiste Dubois a étudié le violoncelle au Conservatoire de Gand en Jean-Baptiste Rappé et Jules de Swert. Il a enseigné au conservatoire de Gand de 1885 à 1891.
À la suite du décès de son professeur et ami Jules de Swert, survenu au cours de l'année 1891, il répondit à l'invitation d'Ernest Lavigne pour jouer du violoncelle comme soliste à Montréal, notamment dans l'orchestre de l'Opéra français.
En 1893, il créa en collaboration avec le Conseil des arts et manufactures de la province de Québec, des classes publiques de solfège[1] qu'il dirigea jusqu'en 1903.
En 1894, il devint chef d'orchestre de l'orchestre du Parc Sohmer.
De 1896 à 1910, il a servi en tant que violoncelle solo des deux premiers orchestres symphoniques de Montréal sous Guillaume Couture puis Joseph-Jean Goulet.
Jean-Baptiste Dubois apprécié particulièrement la musique de chambre. Il fut membre fondateur du Trios de Haydn de 1896 à 1898 avec Émery Lavigne et Jean-Joseph Gagnier et membre du Trio Mendelssohn de 1905 à 1906.
En 1907, il fut membre fondateur du Trios de Beethoven avec Albert Chamberland et Maria Heynberg.
En 1910, il créa le Quatuor à cordes Dubois qu'il dirigea jusqu'à sa mort en 1938.
Jean-Baptiste Dubois a également travaillé en tant que chef d'orchestre dans plusieurs orchestres. Il a enseigné au Collège de Montréal en 1896, au Conservatoire de l'université McGill en 1904, au Conservatoire National après 1906 et à l'Académie de Musique canadienne en 1914.
Il composa des œuvres poétiques, dont une Élégie pour violoncelle et piano.
Jean-Baptiste Dubois se maria deux fois. Sa première épouse, Caroline Derôme-Bourdon, (décédée en 1940), était elle-même violoncelliste et pianiste. Il était le beau-père de Louis-Honoré Bourdon et Rosario Bourdon et son fils Jules Dubois était leur demi-frère.
Son fils Jules Dubois (1902-1977) a travaillé en tant que violoncelliste dans divers orchestres et a enseigné le violoncelle et le solfège. Il a écrit le scénario de Théorie élémentaire de musique paru à Montréal en 1961.
