En , Jean-Baptiste Jourdan est élu député de la Nièvre, le septième et dernier, à la Convention nationale[2].
Il siège sur les bancs de la Plaine. Lors du procès de Louis XVI, il vote la détention, et se prononce en faveur de l'appel au peuple et le sursis à l'exécution de la peine[3],[4]:
Je ne puis appliquer la loi, parce que je ne suis pas juge. Le fussé-je, je ne la voterais pas, parce que la peine de mort est contraire à mes principes. [...] Je vote pour la détention provisoire, puis le bannissement, mais seulement à l'époque où la Convention, ou la législature suivante croiront pouvoir, sans danger, procéder à l'exécution du décret.
Le 26 vendémiaire an III (le ), il est envoyé en mission à Clamecy (département de la Nièvre) afin d'y accélérer l'envoi de bois et de charbon à Paris[9]. Le 8 germinal (le ), sa mission est étendue aux départements du Loiret, de la Nièvre et de l'Yonne[10].
Mandat aux Cinq-Cents
Sous le Directoire, Jean-Baptiste Jourdan est réélu député par les départements du Loiret et de la Nièvre, il opte pour son département natal, et siège au Conseil des Cinq-Cents. À nouveau, il se montre très modéré tout au long de son mandat et se tient à l'écart des débats. Cela lui permet d'être constamment réélu jusqu'à la chute du Directoire. Toutefois en 1797, à cause de ses sympathies royalistes, il manque de peu d'être compris dans la proscription du 18 fructidor.
En 1799, il se rallie au régime de Bonaparte. Il est ainsi choisi par le Sénat conservateur pour siéger au Corps législatif, toujours en tant que représentant de la Nièvre. Il occupe ce poste pendant toute la durée du Consulat, jusqu'au .