En , Jean-Baptiste Lomont est réélu député du Calvados, le troisième sur treize, à la Convention nationale.
Il siège sur les bancs de la Plaine. Lors du procès de Louis XVI, il refuse de se prononcer lors du premier appel nominal relatif à la culpabilité du roi[4]:
Je déclare que tous les efforts qu'on a fait, même à cette tribune, ne m'ont pas persuadé que nous pouvons cumuler les pouvoirs les plus incompatibles, que je suis resté bien convaincu que nous devons faire des lois, et non les appliquer; [...] je m'abstiens de voter.
Il se prononce pour «la détention, et le bannissement à la paix» et vote en faveur de l'appel au peuple et du sursis à l'exécution[5].
Le , il vote en faveur de la mise en accusation de Jean-Paul Marat[6]:
Citoyens, ne respirant et ne votant que pour le bien public, et particulièrement interprète, en cette circonstance, des braves républicains du Calvados, qui rendent à Marat toute la justice qu'il mérite, c'est-à-dire qui lui vouent un profond et éternel mépris, je vote pour le décret d'accusation.
En brumaire an IV (), Jean-Baptiste Lomont est réélu député et siège au Conseil des Anciens. Il est initialement tiré au sort pour quitter le Conseil en prairial an VI ()[10], mais il est arrêté à l'issue du coup d’État du 18 fructidor an V () et déporté sur l'île d'Oléron. Il est libéré en 1799 et devient maire de Coutances.