Jean part alors en direction de Thessalonique pour se préparer à stopper toute attaque menée par cette coalition. Il tente sans succès d'envoyer une ambassade chez chacun de ses adversaires en espérant les faire renoncer à leur projet[1]. Jean Paléologue dirige alors une armée qui défait l'armée du despote d'Épire près de Vodéna, ce qui lui permet de s'emparer d'Ochrida et de Berat[2].
Les trois alliés se rassemblent alors mais sont vaincus à la fin du mois de lors de la bataille de Pélagonia, l'armée byzantine étant de nouveau dirigée par Jean Paléologue. Celui-ci profite de sa victoire pour s'enfoncer plus profondément en Thessalie[3] tandis que son général Alexis Strategopoulos prend possession d'Arta, la capitale du despotat d'Épire. Cependant, dès 1260, Michel II Doukas réussit à annuler la plupart de ses pertes consécutives à la défaite de Pélagonia. Face au retour du danger épirote, Jean Paléologue est envoyé à Thessalonique défendre les territoires de l'Empire de Nicée[4].
En 1264, Jean dirige une armée en Grèce du nord contre les Épirotes. Bien que ses troupes soient principalement constituées de mercenaires, Jean contraint Michel II à traiter avec les Byzantins. Ces derniers récupèrent la souveraineté de Ioannina[5] et Michel II reconnaît la souveraineté de l'empereur Michel VIII[6]. En outre, Nicéphore, le fils de Michel II, doit se marier avec Anne Paléologue, une nièce de Michel VIII[5].
Après ses succès en Grèce, Jean est envoyé en Asie Mineure pour s'opposer à la pénétration turque en Carie vers 1264. Possessionné dans la région, il réussit à consolider les défenses byzantines dans la vallée du Méandre aux alentours de la ville de Tralles, notamment en versant à ses hommes une solde régulière[7]. Face à cette résistance, les Turcs signent un accord avec les Byzantins qui met en place une paix précaire, remise en cause après le départ de Jean. Celui-ci mène sa dernière campagne en Grèce. Avec son armée, il doit rétablir l'autorité de l'Empire byzantin sur la Grèce méridionale, l'Épire et sur les îles de la mer Égée. Cependant, il est lourdement battu par Jean Ier Doukas, chef de la Thessalie, soutenu par les Francs d'Athènes à Néopatras[8]. Affaibli par la défaite, il se retire en 1274 avant de mourir quelques mois plus tard[7].
Donald MacGillivray Nicol (trad.de l'anglais par Hugues Defrance), Les derniers siècles de Byzance (1261-1453), Paris, Texto, , 530p. (ISBN978-2-84734-527-8).
