Jean est désigné pour en devenir abbé et les cisterciens s'installent à Bonnevaux en 1119. L'année suivante, la première église abbatiale de Bonnevaux est consacrée par Gui de Bourgogne devenu entre-temps pape sous le nom de CalixteII[1].
Son élection à l'épiscopat est probablement la source des conflits durables à propos de l'abbaye de Léoncel. Celle-ci est située dans le diocèse de Die, mais à la limite de celui de Valence et les cisterciens de Léoncel préfèrent l'autorité de Jean, l'abbé qui a fondé leur monastère devenu évêque de Valence, à celle de leur évêque diocésain[2].
Le texte de la Vita de Jean de Bonnevaux est conservé dans deux manuscrits, l'un, dont il manque les premières pages, édité par deux cisterciens en 1642[3], l'autre, intact, édité en 1717 par Dom Martène[1],[3]. La version publiée en 1642, probablement réécrite, affirme que Jean de Bonnevaux est parti en pèlerinage à Saint-Jacques-de-Compostelle en 1114. La version publiée en 1717 évoque juste une promesse d'abord non tenue d'entrer au couvent et une intervention de saint Jacques[3]. Selon Maurice Valla, le pèlerinage à Compostelle de Jean de Bonnevaux semble «difficilement contestable»[4]. Au contraire, l'historienne Denise Péricard-Méa y voit une composante, inventée, de la sainteté[3].
Le culte de Jean de Bonnevaux est confirmé officiellement par l'Église catholique pour le diocèse de Valence en 1852 et pour le diocèse de Grenoble en 1904[1].
123Hélène Morin-Sauvade, «La filiation de l'abbaye de Bonnevaux», dans Unanimité et diversité cisterciennes: Filiations, réseaux, relectures du XIIeauXVIIesiècle, Saint-Étienne, Publications de l'Université de Saint-Étienne, coll.«Travaux et recherches du Centre européen de recherches sur les congrégations et ordres religieux» (no12), , 715p. (ISBN978-2862721774, lire en ligne), p.103-120.
Roger Aubert, «Jean de Bonnevaux», dans Roger Aubert (dir.), Dictionnaire d'histoire et de géographie ecclésiastiques, t.26, Paris, Letouzey et Ané, , 1512p., col. 1320.
B.J. Martin, «Un évêque cistercien au XIIesiècle: Jean de Bonnevaux, évêque de Valence (1141-46)», Revue drômoise, no84, , p.85-91.