Joe Musashi est le protagoniste de la série Shinobi, il apparaît tout d'abord en 1987 dans le premier Shinobi[2] puis dans les suites de la saga : The Revenge of Shinobi[3] (1989), Shinobi[4] (1991), Shinobi II: The Silent Fury[5] (1992) et Shinobi III: Return of the Ninja Master[6] (1993). Musashi apparaît également en tant que personnage déblocable dans la version 2002 de Shinobi[7] parue sur PlayStation 2, ainsi que dans Nightshade[8] (2003) et Shinobi[9] sur Nintendo 3DS (2011).
Ses armes principales dans la plupart des jeux sont des shurikens ou des kunais[3]. Il possède également l'épée Hazy-Moon (朧月, Oborotsugi?), qu'il est capable de charger pour une puissante attaque spéciale, et connaît diverses techniques de compétences ninjutsu et des sorts[10]. Les compétences ninjutsu de Musashi peuvent être défensives, offensives ou utilitaires. Notamment dans The Revenge of Shinobi, où il existe une protection pour le personnage baptisée « Ikazuchi », qui ne subira aucune blessure et donc ne perdra pas de point de vie[11]. Parmi les compétences offensives, Musashi dispose de « Kariu » et « Mijin », la première étant une attaque enflammée qui traverse l'écran, et la seconde, une attaque suicide infligeant d'importants dégâts. La dernière compétence est utilitaire, baptisée « Fushin », elle permet au personnage d'effectuer des sauts plus importants[11].
En dehors des jeux vidéo Shinobi, Joe Musashi apparaît en tant que personnage jouable dans le jeu vidéo de course Sonic and All-Stars Racing Transformed publié en 2012, où il conduit un quad et est capable de lancer des boules de feu[12].