Johann Gottfried von Aschhausen vient de la famille franconienne Aschhausen, dont le siège est le château à Schöntal.
En 1593, à la suite de la résignation d'un frère aîné, il reçoit la prébende à Bamberg en 1593 puis à Wurtzbourg en 1596. En 1604, il reçoit la doyenné de l'abbaye de Comburg.
Il tente de freiner le protestantisme. Il fait appel aux Jésuites et leur confie l'éducation de l'évêché. Par son initiative, la Ligue catholique renaît en 1609 sous l'autorité de Maximilien de Bavière. Bamberg et Wurtzbourg présentent d'importants contingents d'infanterie et de cavalerie de 1620 à 1622 au moment de la guerre de Trente Ans. Malgré les menaces d'Ernst von Mansfeld d'envahir les évêchés, Johann Gottfried von Aschhausen ne change pas de politique.
Durant son épiscopat, la chasse aux sorcières prend une grande importance. En 1612-1613 et en 1617-1618, 300 personnes subissent le bûcher. En 1617, 102 sont exécutées pour sorcellerie[1]. La chasse s'accroit encore avec son successeur à Bamberg, Johann Georg Fuchs von Dornheim.
Il meurt lors de la diète de Ratisbonne et se fait enterrer dans la cathédrale de Bamberg.
