Il débute en unité, de 1996 à 2006. D'abord chef de section au 42ème Bataillon Mécanisé, il occupe ensuite les postes de commandant adjoint d'unité, puis de commandant d'unité de la 1ère compagnie de ce bataillon.
Josef Trojánek devient à partir de 2006 le chef du département de planification de l'état-major de la 4ème Brigade de Déploiement Rapide. En 2008, il devient commandant adjoint du 44ème Bataillon Léger Motorisé. Puis en 2009 il prend le commandement de son ancien bataillon, le 42ème Bataillon Mécanisé, jusqu'en 2014. Il occupe ensuite les postes de chef d'état-major, puis d'adjoint au commandant, puis de commandant de la 4ème Brigade de Déploiement Rapide[3].
De 2021 à 2022, il devient commandant adjoint de la division de capacité de planification des forces armées. En 2023, il est nommé commandant adjoint du commandement des opérations[4]. Fin 2024, Josef Trojánek prend la fonction de chef d'état-major de l'armée de Terre tchèque[1].
Il est projeté au Kosovo, au sein de l'Implementation Force en 1996, puis au profit de la KFOR en 2004. Il est déployé à trois reprises en Afghanistan auprès de la Force internationale d'assistance et de sécurité entre 2007 et 2012[2].
Croix de mérite IIIe, IIe classe.
Médaille de l'armée de la République Tchèque.
Médaille OTAN de la FIAS/ISAF[3].
