Juan Antonio Guerrero Alves, est né le à Mérida, en Espagne, le deuxième de quatre frères. Il entame des études d'économie à l'université, suivant le parcours professionnel de son père, un homme d’affaires, mais est attiré par la vie religieuse jésuite: il entre au noviciat de la Compagnie de Jésus le . A la fin de sa formation spirituelle et académique il est ordonné prêtre le . Il obtient une licence d'économie à l’université autonome de Madrid en 1986 et une licence de philosophie et lettres en 1993.
Le , le pape François nomme le père Guerrero préfet du Secrétariat pour l'économie[2]. Il entre en fonction le [3].
Ce poste doit être tenu par un cardinal selon les statuts du secrétariat, et donc normalement un évêque, le pape François accepte cependant que le père Guerrero ne soit pas ordonné évêque, respectant le vœu jésuite de renoncer à toute prélature.
Sa démission pour raisons personnelles est annoncée le [4]. Le Dr Maximino Caballero Ledo, auparavant secrétaire général, prend sa suite comme préfet[5].
